臺北市政府為興辦臺北都會區大眾捷運系統新店線新店機廠（美河市）聯合開發案用地之需要，分別於80年1月17日、12月11日及81年4月15日向內政部申請徵收，經內政部准予徵收，函附徵收土地計畫書援引包含77年7月1日制定公布之大眾捷運法第6條規定：「大眾捷運系統需用之土地，得依法徵收……之。」同法第7條第1項規定：「為有效利用土地資源，促進地區發展，地方主管機關得自行開發或與私人、團體聯合開發大眾捷運系統場、站與路線之土地及毗鄰地區之土地。」作為法令依據。

監察院經立案調查後認為：一、併行適用大眾捷運法第6條、第7條，違背上開規定不得併行之立法設計，未落實依法行政原則；二、大眾捷運法並未明文規定以「一般徵收」方式徵收人民土地後，得將土地移轉為私有，臺北市政府將此種土地移轉為私有，有違重要事項應由法律明定之原則。案經提案糾正臺北市政府，並要求行政院轉飭所屬確實檢討改善。惟大眾捷運法之中央主管機關交通部認為，臺北市政府依大眾捷運法第6條、第7條以雙軌併行辦理徵收及聯合開發，並無不法。且法務部並未具體認定「以徵收方式取得之聯合開發土地如擬移轉私人，須以法律明文規定，始得為之」。而核准土地徵收之機關內政部認為，以徵收取得之聯合開發土地移轉予私人所有，並無疑義，而准予登記。嗣經監察院對於准予登記疑義於103年1月21日再立案調查後，行政院對交通部及內政部之前述意見，函復監察院表示「尊重相關權責機關研處情形」。監察院爰以就適用同一法律，顯然發生見解歧異，聲請司法院大法官統一解釋，並經監察院院會於103年7月8日通過時任監察委員馬以工、林鉅鋃及李復甸所提聲請司法院大法官統一解釋案。

程序上，司法院認為本件監察院與行政院各就屬其職權行使相關事項之大眾捷運法第6條、第7條是否得併用，及於依大眾捷運法第6條徵收人民之土地，是否得將之以聯合開發方式移轉為私人所有，就適用同一法律，顯然發生見解歧異。監察院聲請統一解釋，核與司法院大法官審理案件法第7條第1項第1款規定之要件相符，應予受理。

實體上，司法院釋字第743號解釋，認主管機關依77年7月1日制定公布之大眾捷運法第6條規定所徵收之大眾捷運系統需用之土地，不得用於同一計畫中依同法第7條第1項規定核定辦理之聯合開發。且依大眾捷運法第6條徵收之土地，應有法律明確規定得將之移轉予第三人所有，主管機關始得為之，分述如下：

1. 大眾捷運法第6條規定，要求主管機關就大眾捷運系統需用之土地，依相關法律徵收，作興建捷運系統之特定目的使用，非以追求商業利益為考量。大眾捷運法第7條規定之目的，則在有效利用土地資源，促進地區發展並利大眾捷運系統建設經費之取得，故聯合開發係為有效利用土地資源，並因此涉及商業利益之分享及風險之分擔。主管機關依大眾捷運法第6條規定，按相關法律徵收人民土地，雖因而取得土地所有權人之地位，然其與一般土地所有權人得自由使用、收益、處分及行使其他土地權利者並不全然相同。其徵收既係基於興建捷運系統之特定目的，主管機關自不得於同一計畫，持該徵收之土地，依大眾捷運法第7條規定辦理聯合開發，而為經濟利用，故自亦無由主管機關將該徵收之土地所有權移轉予第三人之餘地。如因情事變更，主管機關擬依後續計畫辦理聯合開發，應依其時相關法律辦理。
2. 主管機關為公用或公益之目的而以徵收方式剝奪人民財產權後，如續將原屬人民之財產移轉為第三人所有，易使徵收權力遭濫用及使人民產生圖利特定第三人之疑慮。是如因情事變更，主管機關有依其時相關法律規定，將循大眾捷運法第6條規定所徵收大眾捷運系統需用之土地，納入後續計畫，辦理聯合開發之情形，仍應有法律明確規定主管機關得將之移轉予第三人所有，始得為之，以符憲法保障人民財產權之意旨。

監察院為國家人權院，除職司整飭官箴、澄清吏治外，對於保障人民基本權利，向來不遺餘力。於調查臺北市政府辦理捷運新店機廠聯合開發案，發現涉及違法徵收人民土地興建大樓出售私人，聲請司法院大法官統一解釋，並經司法院作成釋字第743號解釋，認同監察院聲請書見解，認主管機關依77年7月1日制定公布之大眾捷運法第6條規定所徵收之大眾捷運系統需用之土地，不得用於同一計畫中依同法第7條第1項規定核定辦理之聯合開發。且依大眾捷運法第6條徵收之土地，應有法律明確規定得將之移轉予第三人所有，主管機關始得為之，以符憲法保障人民財產權之意旨。對人民財產權之保障，實有重大意涵。