澎湖縣由90個島嶼組成，擁有獨特的自然生態與歷史人文，玄武岩形成的特殊地景，更獲得「上帝的石雕公園」美譽；並於2012年正式加入「世界最美麗海灣組織」（The Most Beautiful Bays in the World, MBBW），其組織宗旨為致力保護全球海灣天然與文化資源。

該縣每年舉辦「國際海上花火節」，燦爛的火樹銀花與豐富的自然景觀相輝映，吸引遊客湧入，但隨之而來的垃圾量，卻也成為浸蝕環境的毒藥，垃圾處理問題為該縣環境永續的一大考驗。

澎湖地區為國內少數迄未興設焚化廠之縣市，由行政院環境保護署（下稱環保署）補助每年約新臺幣（下同）4,500萬元之垃圾轉運費用，將約80％垃圾轉運委由高雄市政府代為焚化。後因垃圾轉運作業場所使用期限將屆，遭民眾抗爭，且值行政院核定「建置澎湖低碳島專案計畫」，澎湖縣政府遂以「澎湖縣推動低碳島一般廢棄物資源循環零廢棄－垃圾分選處理工程計畫」，申請環保署補助，經該署同意補助設置經費5,200萬元。

惟澎湖低碳島垃圾分選廠（下稱系爭垃圾分選廠）效能與預期目標相距甚遠，監察院關心環境永續、公共設施閒置及垃圾堆置造成環境衛生疑慮等問題，積極展開調查，經請相關部會提出說明、蒐研文獻及統計數據，並實地履勘運作現況，發現系爭垃圾分選廠自103年8月至104年7月試運轉期間，每日平均分選率僅為3.59％，與預期達成之30％分選率相距甚遠，實際回收之資源垃圾數量及變賣收入，無法達成預期功能，且未分選之逾9成6垃圾仍須轉運回臺焚化處理。環保署疏未善盡規劃、審查、評估及督導之責；澎湖縣政府先期規劃及執行不力，顯有浪擲公帑之嫌。

且環保署未依規定督同澎湖縣政府環境保護局，完備系爭垃圾分選廠污染防制設備及措施，使該廠工作人員於欠缺負壓設計及防臭設備不足之廠房，以人工實施垃圾分選，未若先進國家多以自動化機械分選，致工作人員因不耐臭味而離職、該廠周遭民眾亦抗爭不斷，耗費近5千萬元購置之軟硬體設備，終難逃閒置一途；更使澎湖地區垃圾妥善資源化處理等環保永續措施無以為繼，低碳島所揭示之「垃圾零廢棄」等目標成為幻影。

　　監察院調查完竣後糾正環保署、澎湖縣政府，並持續追蹤改善情形，期使相關機關妥善處理澎湖地區垃圾堆置問題，防制污染，共同保護澎湖得天獨厚的自然景觀。