臺南市七股區因位於濱海地區，地形多為潮汐灘地、沙洲、潟湖，當地曾文溪出海口溼地為黑面琵鷺的棲息地，就在這特殊地形上，佇立著一塊「國立臺南大學」的石碑，臺南大學用這塊石碑「插旗」了10餘年，但校區有如空城，杳無人跡，並無實質的校區規劃進度，未來前途未卜。

當初臺南大學為解決原校地（府城校區）空間不足的問題，在94年經核定將遷校至七股區，惟因該區為黑面琵鷺之棲息地，遭環保團體多次陳情，臺南大學基於環保生態考量，縮小開發規模，並將遷校計畫修正為校區設置計畫，只需部分院系進駐，卻引發這些院系師生反彈，陳情不斷，在無法獲得共識的情況下，前後拉鋸8年多，該校區設置計畫經多次修正，仍未獲行政院核定。直到106年10月，臺南大學又稱已無遷校七股校區的需求，將終止七股校區設置計畫。

「錯誤的政策比貪污更可怕」，臺南大學的遷校計畫延宕10餘年，耗資新臺幣（下同）5.8億元興建的公共設施形同蚊子館，在該校區設置計畫未完成前，每年還需支付400餘萬元的維護管理費，最後又聲明中止設置計畫。這一連串的過程虛耗國家資源，投注的人力、經費、時間像是掉入無底洞般的，遲遲未見回收的一天。審計部派員稽查臺南大學的上開缺失，監察院針對該部稽查結果，再行調查並糾正臺南大學，目前監察院仍持續關注相關檢討改善情形，定期追蹤，並責請教育部應督同臺南大學儘速確定校區設置方向，期許能夠突破困境，有所進展，兼顧師生權益和環境生態保育。