疫情指揮中心為防疫考量，自109年2月5日開始以電子圍籬進行居家隔離者及居家檢疫者的管理及關懷，並搭配手機基地台精準疫調匡列、健保卡註記、電子圍籬2.0及簡訊實聯制等科技防疫手段，然而屢遭質疑其法源-傳染病防治法並無明文授權；而隨著疫情期間聯合國及歐盟陸續頒布相關人權及資料保護指引，我國電子圍籬相關措施之適法性及隱私權侵害疑慮，引起監委關注並進行調查；監察院社會福利及衛生環境委員會並於23日審查通過監察委員王幼玲、王美玉、高涌誠所提調查報告，分別指出在程序、行政透明、個資保護及法制面向確有不備之處，將提醒指揮中心正視相關疑慮並妥善處理，使防疫及人權可以併行。
三位調查委員首先指出，臺灣科技防疫方式確實達成保障全體國人健康之效果，然而COVID-19迄今呈現瞬息萬變之特性，相關管控措施被迫匆促上路，難免肇生影響被管制對象之自由與權益等相關疑慮。以電子圍籬而論，109年1月28日決定實施電子圍籬後，2月5日旋即實施，同年1月底至2月初鑽石公主號事件，即已大規模索取個資並以基地台定位技術實施電子圍籬偵測，但是同年2月5日及24日始分別檢附「運用智慧科技輔助居家隔離及居家檢疫作業流程」及其修正版函請地方政府配合辦理，遲至同年3月8日始正式公告實施，系統服務平台至同年3月26日方簽約生效。甚且到5月28日，才公布「COVID-19因應指引：實聯制措施指引」，明顯未依循「先程序，後實體」之原則；監委表示，指揮中心縱因疫情緊急未依嚴謹程序辦理，仍應趁國內疫情獲穩定控制之際，盤點疏漏不足之處並研謀改善，以增益我國人權保護形象。
調查委員王幼玲、王美玉、高涌誠進一步說明，臺北市萬華區部分民眾健保卡遭註記，而衍生就診被拒之爭議，也有程序及行政透明相關問題；聯合國人權指引曾提出「實施措施需有具體的重點和持續時間」、「政府應告知受影響的民眾緊急措施的內容、適用範圍及預計持續的時間，且定期更新並提供民眾獲知訊息的管道」等原則，歐盟一般資料保護規則(GDPR)也曾提出「透明原則」；然而經查，萬華區高風險族群自110年5月15日至29日遭納為健保卡註記對象，卻至28日即將結束註記之際，才於記者會宣布，顯然與上述原則有相當落差。
至於個資保護部分，監委說明，109年1月28日「大數據防疫研商會議」決議「疫情結束後……依指揮中心指示銷毀疫情期間所整合及蒐集之資訊」，然而電子圍籬實施後4個月公布之「COVID-19因應指引：實聯制措施指引」始有「至多28天」之明文。進一步調查更發現，指揮中心雖能提出電子圍籬系統平台刪除個資之記錄檔(log)，然而該系統自109年1月至110年8月蒐集門號數高達66.6萬門，屬於中華電信門號之異常告警(出框)簡訊筆數即達165萬餘則(尚未計入其他四家通訊業者)，該165萬餘則簡訊卻應遵循「電信事業用戶查詢通信紀錄及帳務紀錄作業辦法」第4條第2項：「通信紀錄及帳務紀錄之保存期間自紀錄發生時起算至少1年」之規定，似與指揮中心規定28天刪除有所牴觸；則通信業者所發送之出框簡訊，究應遵循指揮中心所示28天或作業辦法規定之1年保存期限，仍然有待指揮中心確認。
最後在法制層面，王幼玲、王美玉、高涌誠委員指出，指揮中心雖一再說明，相關防疫措施是立法者有意授權指揮官於疫情防治方法選擇上之彈性，而且對於受監控者自由權及隱私權之干預，與所欲維護之全體國民生命安全及身體健康相比，兩者間並未顯失均衡，符合憲法第23條比例原則；然而經過委員調查，也有學者指出「真正的問題在於法治國原則的鬆動」，因為台灣防疫模式的法制基礎明顯存在「高度仰賴法律中的概括條款」、「大幅弱化法律明確性原則使既有法律條文得以被擴大解釋」以及「寬鬆的比例原則自我審査」等特性，三位委員認為，「常態法緊急化」、「例外狀態常態化」將模糊緊急與常態之間的界線，恐形成行政擴權之潛在風險；況且國內疫苗接種覆蓋率既已大幅提升，疫情更有朝向「長期」且「常態」方向調整之趨勢，顯示現階段電子圍籬使用空白授權之正當性與急迫性，與疫情早期「避免緊急危難」等情勢不可等量齊觀，監委呼籲，指揮中心於約詢時既允諾「適時滾動檢討」等語，即應把握疫情和緩及穩定控制期積極妥處，使人權保護之相關配套機制及措施與我國亮眼的防疫成績可以兼顧併行。