莫拉克永久屋政策辦理迄今已逾12年，災後在屏東、高雄、臺東、臺南、嘉義、雲林、南投等地共興建43處基地、3,583戶永久屋(110/04)，安置人數為11,703人(103/08)。另據莫拉克災後人權權益促進會等團體來監察院陳訴，災民入住永久屋後面臨諸多問題，希能重新評估災後原鄉復原情形，讓原住民族有一條回家的路。此外亦有屏東原民畫家以自焚方式抗議永久屋政策，顯示永久屋政策及三方契約關係衍生出土地及居住權等爭議，造成原住民部落遭切割或分離，難以協助災民永業安居，凸顯永久屋整體政策亟待全面檢討。案經監委葉大華、紀惠容、鴻義章、浦忠成至屏東縣、高雄市、嘉義縣、臺東縣19處永久屋與6處原居地實地履勘及諮詢人員，於今日(4/20)提出調查報告，指出應加速調整永久屋三方契約關係、原居地安全複勘作業應納入原民觀點、正視永久屋品質管理及建置發展機制、研議原住民族災後重建專法及土地權利之保障，促請行政院督同所屬積極檢討改進，並提出下列主要調查意見:
一、原居地安全複勘作業應納入原民觀點：莫拉克災民有超過七成為原住民部落族人，按「聯合國原住民族權利宣言」第10條：如未事先獲得原住民族人民同意，並在可能時提供返回選擇，則不得強迫原住民族遷離其土地。而莫拉克災後，時任行政院院長劉兆玄先生明示「以國土保育為先」的災後重建政策定調，莫拉克重建條例第20條也首度將「強制遷居、遷村」政策法制化，為執行遷村計畫行政院進行原居地安全評估工作，將部分災區劃定為「特定區域」或「安全堪虞地區」，並明訂遷村選定之順序為:1.離災不離村2.離村不離鄉3.集體遷村至離鄉最近之適當地點(即離災又離鄉)。然根據原民會統計，接受莫拉克永久屋安置之原住民遷村戶中，離災又離鄉計2,379戶，比例高達原住民永久屋總戶數之85%，實已遠離原定永久屋政策的優先順序原意。此種離災又離鄉的「集體遷村」、「異地重建」模式造成部落遭受切割或分離，經濟與文化斷鏈之衝擊，遂衍生出後續部落災民對重建政策的反彈與抗爭。
報告指出，「莫拉克颱風災後重建特別條例」業於103年廢止，原劃定之100處「特定區域」、61處「安全堪虞地區」隨之失效，加上莫拉克災後迄今已逾12年，災區原居地安全性隨著時空變遷多有變化，以致莫拉克災民要求複勘及返鄉的呼聲迭起。本院調查期間內政部為回應災民重返原居地需求，於110年8月23日啟動原居地安全性複勘作業計畫，然直轄市、縣(市)政府複勘需求自主查核表回報結果，161處僅 21處須辦理複勘，免辦理複勘作業計140處。據了解原劃定機關邀請之專家學者多屬地質、大地、土木、水土保持等領域，仍欠缺民族、文化、社會等方面之專家，對於原居地生活面、文化面、社會面之考量猶恐不足。鑒於原民族人與部落原居地之緊密性，對於災害有其獨特的理解與應變災難的山林知識，包括選址、決策及協商等機制，行政院應督同所屬於辦理原居地安全性複勘作業時，落實「原住民族基本法」第23條規定於複勘作業專案小組納入民族、文化、社會、生態等領域專家學者，俾能針對原居地安全、生活、文化、社會等面向進行整體考量，提供莫拉克災民安全的返鄉道路與選擇，以貫徹「聯合國原住民族權利宣言」第10條規定之精神。
監委表示莫拉克災後，本院組成「莫拉克八八水災專案調查研議小組」，前後總計提出40案調查報告，其中據本院調查報告(099內調0043)指出受限於「一次到位的永久屋」政策影響，政府對於興建中繼屋態度消極且決策反覆。亦有研究指出就災後安置而言，『中繼安置』與『永久屋安置』本非相互衝突的課題。然即便受災者希望中央政府能在『遷村』和『不遷村』之間，提供『臨時住宅(中繼屋) 』的中間選項，讓災區居民避免受到二度傷害，甚至有4位主要災區基層地方首長，在行政院重建會聯合提案興建中繼屋卻也遭否決。此導致相關部落自救會團體發動「百日怒吼」及齊聚行政院抗議陳情，顯見行政院重建會不鼓勵興建中繼屋決策，猶未獲災民認同。另重建會相關決議及宣導及原民諮詢過程亦未一致及充分，導致莫拉克重建過程，受災原住民疑慮未除、抗爭不斷。
歷年原民部落災民的抗爭，凸顯出永久屋安置政策因溝通不足所付出的沉痛代價，行政院及各級政府允宜引以為鑑，於未來執行原鄉遷村、重建、安置時，應諮詢並尊重原住民族選擇，各級政府於未來辦理災後重建工作時，允宜考量引進社區重建工作者做為援建單位與災民的構通橋梁，發起勸募之政府機關或大型勸募團體亦可考慮匡列部分勸募所得成立專案，廣納在地組織及民間團體由不同面向投入重建，以發揮在地長期陪伴與多元化之優點。此外也借鏡國際成功經驗，如印尼因火山活躍，故重建政策有多元選擇且保持動態修正，危險區域分級劃設有重新評估機制，重建社區裡有劃設集體土地，並考量到部落生計發展災難觀光，為部落創造就業機會。行政院允依不同部落族群文化特性研擬因地制宜應變方案，以確保受災民眾獲得最適發展及居住權益。
二、正視永久屋品質管理及建置發展機制：莫拉克災後政府與民間齊力推動重建工作，為追求效率迅速安置受災戶，趕工興建永久屋，其中計有26處基地完工時間不到一年約佔全體基地數六成，然或因時間緊迫、或因建材、工法未符合當地環境及災民期待，肇致永久屋住戶對於建築品質與保固問題迭有爭執。經實地履勘發現，各地莫拉克永久屋普遍存在屋內外漏水、排水設計不良、獲配空間狹小擁擠不敷使用問題，而結構生鏽腐壞、不堪使用、排水不通、滯洪池嚴重淤塞、隔音效果差等情形亦非少見，部分地區永久屋基地甚至出現地層下陷、地基掏空等安全疑慮，嚴重影響永久屋居民生活品質與居住安全，成為最大民怨。囿於快速達成重建目標，各地永久屋工法、品質不一，加上三方契約對於永久屋保固責任不清，以及「永久屋」名稱容易讓人誤解政府機關或援建團體需負永久維護之責，造成後續維護紛爭頻傳。行政院未來規畫及辦理類似工作時，允宜檢討使用「永久屋」名稱之妥適性，並引進第三方驗收單位及明定保固責任期限，以確保永久屋工程品質，並應針對難以透過修繕補助解決的永久屋基地(如臺東大武永久屋或其他地層下陷、地基掏空之個案)進行總體檢與專案改善，徹底解決永久屋全體居民面臨之居住困擾。
針對獲配空間狹小擁擠、人口增加不敷使用、公共設施不足，加上「離災又離鄉」的異地重建方式，將災民與原本賴以為生的土地、生產要素相互剝離，部分居民迫於生活需要與經濟壓力，於永久屋增建房舍或在基地闢建營業設施，卻因此面臨違章建築問題，甚至因拆除違建引發官民對立與衝突。為避免類似情形再次發生，行政院應督促各級政府除引導永久屋居民依法修(重)建房屋外，允宜儘速研議如何建立永久屋管理發展機制，盤點基地內公有空地，評估變更開發之可行性，並協助輔導在地產業永續發展，促使永久屋居民之生存、居住、工作等需求皆能獲得「適當」滿足。
三、加速調整永久屋三方契約關係：莫拉克永久屋訂有三方契約，其原意係為協助災民永業安居。按三方契約約定，受災民眾僅取得永久屋所有權及住宅座落之土地使用權，如返回原居地則需收回相關權利。重建條例雖於103年8月29日廢止，惟三方契約並未規定有效期限。隨著時間推移，永久屋核配戶人口繁衍，空間逐漸不敷使用，當非永久屋繼承人或其他原申請之家庭成員有搬離永久屋之需求，卻因三方契約限制，無法申請住宅補助(貼)，亦不得再回原居地居住或建造房屋，肇致許多永久屋共同生活之直系親屬面臨諸多住居問題。此外，部分原居地位於原鄉，向為原住民族文化傳承之所，當初三方契約要求族人放棄原居地居住權利才能接受援建房屋，恐有影響原住民族永續發展之疑慮。本院國家人權委員會「兩公約第三次國家報告獨立評估意見」也指出：政府宜考量族人之生活空間或生態空間，准予有返回原鄉原部落之權利。」行政院應督促內政部審酌時空環境變遷因素，滿足永久屋住戶世代傳承、人口繁衍與生活發展的動態需求，並考量原住民族發展之特殊態樣，適當調整三方契約相關限制措施，加速檢討換約或鬆綁作業，協助民眾解決問題，避免永久屋政策美意遭到扭曲與誤解。
四、研議原住民族災後重建專法及土地權利之保障：有關永久屋最大民怨之一為獲配戶未能取得永久屋土地所有權，致居民對永久屋缺乏安定感與認同感，也降低其改良永久屋的意願與動力。而永久屋災民無土地所有權原因在於行政部門認為依司法院大法官釋字第443號解釋，永久屋基地之土地仍須符合現行「國有財產法」及「原住民保留地開發管理辦法」規定，應由管理機關依預定計畫(無償作為永久屋基地)管理使用，不得為任何處分或擅為收益。然有學者指出重建條例第20條明文規定，為遷村安置所需之土地，得徵收後申請撥用，取得公有土地，不受國產法第28條及土地法第25條及地方公產管理法規限制。九二一重建時有分原址重建跟遷建，遷住的部分由政府價購或交換土地的方式取得，等到規劃完成後，再依據相關法令規章，分配給住戶，原有的土地再收歸國有，有「以地易地」的精神，從九二一到八八風災，法規並沒有修正，應能比照辦理。
另查全國專屬原住民之莫拉克永久屋基地共計22處，其中有45%位處原住民保留地、80%位處原住民族傳統領域，目前皆為地方政府管有。鑒於原住民族土地具有集體共有共管概念，與一般財產權管理型態迥異，依原基法規定，政府應承認原住民族土地及自然資源權利，尊重其選擇利用與管理土地之模式。惟原住民私有保留地除有「保留地」名目，依法不能租售給非山地原住民外，跟一般土地的性質幾已無分別，加上全球氣候變遷天災頻繁，在沒有相關立法的前提下，是否將土地所有權交給原住民私有保留地之永久屋居民，涉及土地分配公平正義之課題，在臺灣可用的安全土地面積有限下，妥適性有待行政院督同原民會進一步研討，評估協助永久屋居民取得土地所有權之適法性或研提其他可行之替代方案，促使永久屋能發揮最大政策效益，創造民眾與政府雙贏局面。
莫拉克風災永久屋安置政策，更加凸顯出原住民族發展與土地及部落文化傳承息息相關，其災後重建不僅涉及生計解決、產業發展與文化傳承等課題，更須面對原居地暨遷居地之安全評估、使用管理與分配正義等土地連結議題，加之全球氣候變遷所造成之極端氣候災難恐已成常態，相關災難預防及重建規劃政策應有整體思維與前瞻考量。故政府允應記取教訓，平時即應落實原居地安全調查工作，進行滾動式檢討，並積極研議原住民族災後重建(含遷村)專法立法之必要，以確保原住民族永續發展。
五、落實原民災民參政權：經查嘉義縣番路鄉逐鹿社區為「離災又離鄉」的遷村部落，於莫拉克災後，自原鄉(阿里山鄉)遷至非原住民族地區(番路鄉)，導致當地居民之原鄉參政權受阻。行政院說明莫拉克風災受災居民離鄉安置於永久屋，其戶籍及永久屋門牌編釘事宜，為地方自治事項，由地方政府本於權責處理，惟實務執行窒礙難行之處是否如部落會議牽涉到非原住民地區及原住民地區行政區域之劃分等，行政院指出居住在非原住民族地區之永久屋族人，得依「諮商取得原住民族部落同意參與辦法」第8條規定修正「部落章程」之方式，讓其納入部落成員參與原居地之部落會議行使部落公共事務同意權。另也可參照屏東縣政府「行政權延伸」及「鄉中有鄉」劃設方式，即原鄉原住民入住莫拉克永久屋基地，其戶籍仍以原來之鄉鎮編排，故原戶籍地之選舉權或被選舉權不受影響，以確保原住民族政治參與之權利。此有待原民會會同內政部與嘉義縣政府妥予溝通。