新竹市政府辦理矽谷學校財團法人新竹市矽谷國民中小學(下稱矽谷中小學)受贈之該市明湖段489地號等70筆土地(下稱系爭土地)民國(下同)99年度管制檢查作業時，認定標準前後不一，所為職務上行為互相矛盾，有違行政程序法之「誠實信用」及「信賴保護」原則；又其補稅罰鍰理由不僅違反法令規定，更悖離經驗法則與比例原則，加上發現錯誤後消極不作為，皆構成裁量瑕疵及怠惰；另該府辦理本案地價區段劃分時，無視地價調查估計規則、新竹市實施地價調查估計作業規定之明確規範，將不具「經濟效益」與「未來發展」的「國土保安用地」，與可供工商活動、開發建築、具有發展價值之「丙種建築用地」劃為同一地價區段一體核估地價，肇致民眾承受不合理之稅捐負擔，亦有裁量濫用之缺失，經監察委員高涌誠、施錦芳、葉宜津提出調查報告，監察院財政及經濟、內政及族群委員會聯席會議於7日決議通過提案糾正新竹市政府。
監察委員高涌誠、施錦芳、葉宜津調查發現：新竹市政府於92年審核同意矽谷中小學受贈系爭土地免徵土地增值稅，且93年至98年連續6年進行管制檢查作業，均確認其「按捐贈目的使用」；詎料，該府辦理99年度檢查時，竟出爾反爾，在該校使用系爭土地方式無重大變化情況下，改認其「未按捐贈目的使用」，並課予新臺幣(下同)5.3億餘元之補稅及罰鍰。由於矽谷中小學善意信賴新竹市政府免稅行政處分，接受系爭土地贈與移轉，嗣後卻因行政機關檢查認定標準前後不一，所為職務上行為互相矛盾，遭受鉅額補稅裁罰，最終因無力負擔，學校遭到法拍被迫關閉，不僅損及該校學生受教權及教職員工作權，過程中更引發政府爲民設陷、奪取校產之物議，明顯有違行政程序法之「誠實信用」及「信賴保護」原則，嚴重斲傷政府形象與人民信任。
監察委員高涌誠、施錦芳、葉宜津進一步指明：新竹市政府辦理本案99年度管制檢查作業時，竟以系爭土地之「交通用地」有不特定人車通行停車、「國土保安用地」樹木叢生閒置未用為由，認定矽谷中小學「未按捐贈目的使用」，無視「交通用地」及「國土保安用地」法定用途本應作為公共通行與國土保安之用，將「兼作教學之補充性用途」凌駕於「土地使用分區管制」之上，不僅本末倒置，且違反法令規定，顯有「裁量逾越」之情形；又該府將「當日未見」矽谷中小學師生使用，以及「92年核准免稅時已存在」之社區住戶花台造景公園占用系爭土地的「侵權行為」，當作矽谷中小學「未按捐贈目的使用」之證明，前者明顯流於片面，悖離經驗法則，後者則有張冠李戴，與「私權爭執」混為一談之疑慮。此外，本案僅認定「部分土地」未依原定捐贈目的使用，卻針對全部捐贈範圍進行補稅裁罰，明顯輕重失衡、違反比例原則，且於發現錯誤後消極不作為，皆已構成「裁量濫用」及「裁量怠惰」。而該府以上開違反法令、不合情理、不符比例之認定作為後續鉅額補稅裁罰之依據，顯有「裁量瑕疵」，允應撤銷另為適法之處分。
監察委員高涌誠、施錦芳、葉宜津同時指出：系爭土地之「國土保安用地」為「新竹華城開發計畫」整體「土地利用」不可或缺之一部分，受限其作為「水土保持設施」及「綠地」等法定用途，不得再申請開發或改作其他使用，故在社會通念下不具市場上「經濟效益」與「發展趨勢」。然新竹市政府辦理「新竹華城開發計畫」地價查估時，無視地價調查估計規則、新竹市實施地價調查估計作業規定已明確規定「土地使用管制」、「利用現況」、「發展趨勢」乃劃分地價區段之重(主)要影響因素，反本末倒置，以無法令依據之「整體開發」當作唯一考量，將法定用途作為「水土保持設施」及「綠地」、現況「林木叢生」、社會通念不具「經濟效益」與「未來發展」的「國土保安用地」，與可供工商活動、開發建築、具有發展價值之「丙種建築用地」劃為同一地價區段一體核估地價，造成作為「國土保安用地」地價稅稅基負擔之「公告地價」，與其「通常可得收益能力」及「經濟實質利益」嚴重失衡，不僅有悖地價調查估計規則與新竹市實施地價調查估計作業規定，更肇致民眾承受不合理之稅捐負擔，嚴重損及人民財產權益，「裁量濫用」之失甚明。
此外，監察委員高涌誠、施錦芳、葉宜津提出：行政院農業委員會98年12月16日農企字第0980167116號函釋將「國土保安用地」區分為「整體開發案」及「非整體開發案」2種，且無論整體開發案中之「國土保安用地」是否符合農業發展條例第3條第10款第1目及第12款規定，一律排除於「農業用地」及「農業使用」之外，明顯牴觸法律及授權命令，增加法律所無之限制，有違「法律保留」原則。
監察委員高涌誠、施錦芳、葉宜津最後表示：財政部99年1月7日台財稅字第09804765270號函釋，僅因依非都市土地開發審議作業規範變更編定之「國土保安用地」係整體開發案不可或缺之一部分，即不問「國土保安用地」實際上有無作為國土保安使用，以及是否維持「農業使用」性質，一律按「一般用地」稅率計徵地價稅，排除土地稅法第22條課徵田賦規定之適用，已違反財產稅「量能課稅」與「平等」之原則，甚難通過憲法保障人民財產權之檢驗。