行政院環境保護署、農業委員會對於生雞糞作為植物肥料如何管制及所適用法令，見解不一，造成地方政府進行輔導或取締時，無所遵循，戕害法令及政府威信，影響民眾觀感，監察院財政及經濟委員會101年7月4日通過監察委員尹祚芊、沈美真、黃武次提案，糾正環保署、農委會。
糾正案文指出，環保署與農委會未對生雞糞究竟屬於農業事業廢棄物或一般廢棄物，及生產、運輸及使用應適用之管制法令、違法者處罰規定，提出統一見解，造成地方政府對農民輔導或取締時，無所遵循，執法及作法不一。
監委調查指出，使用未經醱酵腐熟生雞糞作為植物肥料，若無妥善覆土，易孳生蚊蠅、惡臭，污染水源或土地，對居家環境衛生影響鉅大，也可能造成土壤重金屬含量超過標準，農委會及環保署對於生雞糞管制法令及執法標準各執己見，迄無共識，實有不當。