交通部及連江縣政府未確實審查及規劃「馬祖福澳港區擴建計畫」，致拆除3座已打設完成鋼管樁的碼頭，虛擲2億1,255萬餘元公帑；防波堤塊石嚴重低估及S2碼頭位移，除新增6億多元改善外，善後處理費時，計畫嚴重延宕長達9年半，監察院交通及採購委員會101年7月10日通過監察委員黃武次提案，糾正交通部、連江縣政府。
糾正案文指出本案缺失包括：
一、 交通部及連江縣政府未詳實評估福澳碼頭預定之目標年運量需求，妥為規劃擴建客、貨碼頭席數，肇致計畫執行期間，重新檢討運量需求而縮減興建規模，拆除3席碼頭已打設完成的鋼管樁，虛擲2億1,255萬餘元公帑，無法發揮應有投資效益。
二、 連江縣政府未儘早辦理委託專業管理廠商甄選，致防波堤塊石嚴重低估及S2碼頭位移，除辦理變更設計及修正計畫，增加經費4億335萬餘元外，另須耗資1億5,959萬餘元進行改善，善後處理費時冗長，嚴重延宕計畫長達9年半，明顯有違失。