行政院衛生署未建立署立醫院院長任期制，使部分署立醫院院長長期續任，權力過大，得以直接掌控採購案件，問題叢生，監察院財政及經濟委員會101年9月5日通過並公布監察委員黃煌雄提案，糾正行政院衛生署。
糾正案文指出，行政院衛生署所屬醫院部分院長多年來在各家署立醫院間輪調擔任院長職務，又握有醫療儀器採購職權，因而成為廠商重利引誘對象，滋生弊端。
糾正案文也指出署立醫院採購流程及委外合作5項缺失包括：
一、 採購與委外缺乏有效評估及稽核機制。
二、 採購品項金額缺乏同儕醫院比較，採購成本偏高。
三、 採購醫療設備無醫工專才協助審查。
四、 採購承辦人員常由同一人辦理，易生弊端。
五、 委外合作拆帳比率低。至少10家署立醫院外包業務拆帳比率偏低，增加醫院品質服務及財務風險。