行政院未主動督導協調經濟部、內政部及環保署，依法處理桃園縣轄內部分科技工廠廢水排放問題，坐視桃園縣政府輕忽監察院糾正案及環境影響評估審查決議，造成桃園、新竹民眾不斷抗爭，嚴重影響政府形象，監察院財政及經濟委員會101年9月18日通過並公布監察委員余騰芳、馬以工提案，糾正行政院、經濟部、行政院環保署、內政部及桃園縣政府。
糾正案文指出本案缺失包括：
一、 行政院未落實地方制度法爭議解決規定，及環境基本法揭示之環境保護優先原則，迄未主動督同經濟部、內政部及環保署，依法對科技廠廢水排放問題，積極審慎妥處，坐視桃園縣政府輕忽監察院糾正意旨及環評審查決議，導致桃園、新竹二縣政府爭議懸而不決，二縣民眾抗爭、陳情不斷，重創政府形象。
二、 行政院疏於監督，經濟部及環保署推諉塞責，怠忽法定職權及國內優質水源亟須積極保護的重要性，迄未就飲用水源規劃及認定權責確實釐清，造成管理疏漏。經濟部草率行文桃園縣政府「霄裡溪將不再為飲用水水源」，桃園縣政府因而擅自核准科技廠廢水持續污染霄裡溪，造成國內已臻稀有的優質水源難以確保，實有不當。