核電廠已商轉逾30年，低放射性廢棄物最終處置場選址逾20年未確定，高達20餘萬桶核廢料迄今仍暫時貯存於蘭嶼貯存場、核電廠倉庫及核研所各處，並造成人工核種外洩，台電公司並有不當高額回借核能後端基金未動用餘額，及辦理委託研究計畫涉有球員兼裁判等諸多違失，監察院財政及經濟委員會101年9月18日通過並公布監察委員高鳳仙、趙昌平提案，糾正經濟部、行政院原子能委員會及台電公司。
糾正案文指出本案缺失包括：
一、 經濟部、原能會及台電公司辦理最終處置場址相關作業已逾20年，迄未完成，高達20餘萬廢料桶仍暫存於蘭嶼貯存場及各核電廠倉庫中，境外處理遙遙無期，國內最終處置時程嚴重延誤，監察院85年糾正後仍未改進。又草率將小坵嶼列為優先調查候場址，虛擲新台幣7.94億元，並一再拖延選址時程，目前已延至105年6月，對於完成選址後舉辦公投方式尚未定案，公投能否通過變數極多，有重大違失。
二、 台電公司辦理蘭嶼貯存場檢整重裝作業，無視原能會97年檢出人工核種示警於先，又未據實說明中央研究院98至100年測得人工核種鈷60呈準指數增加趨勢。作業期間除原能會開立36件注意改進事項及2件違規處分外，也無視廢棄物桶粉末化程度，將桶身維持柱狀者均歸為輕微破損桶，違背廢棄物桶分類規定，且疏於督管，造成多項不符標準程序之作業瑕疵。
三、 核能後端營運基金至101年7月底止，累計淨值2,209.04億元，貸予台電公司2,030.71億元，比例高達92%，風險集中，不符立法院決議不超過80%要求，也與基金收支保管及運用辦法應注意收益性及安全性的規定不符，經濟部、核能發電後端營運基金管理會及台電公司均有違失。
四、 原能會核能研究所98年至100年間執行台電公司及核能後端營運基金管理會委託研究計畫共44件，金額總計8.19億元，年年高居得標廠商第一名，計畫多採限制性招標且未經公開評選或徵求，研究報告未邀集專家學者協審，且由核研所上級機關原能會審查或核備，計畫有未依規定簽章、編列預算或登錄、遲未准予核備情形，未達5億元採購案均由台電公司自行監辦且未進行稽核。經濟部、原能會、核研所、核能後端營運基金管理會及台電公司辦理相關業務欠嚴謹及妥適，有球員兼裁判之嫌。