財團法人器官捐贈移植登錄中心辦理器官勸募業務存有諸多缺失，衛生署未善盡監督職責；臺大醫院對器官捐贈檢體未落實雙重確認機制，且通報機制紊亂，監察院財政及經濟委員會通過並公布監察委員尹祚芊、李復甸提案，糾正行政院衛生署、台大醫院。
糾正案文指出本案缺失包括：
一、器捐登錄中心由衛生署捐助成立，衛生署負有營運主導權及監督責任，卻未善盡監督職責，器捐登錄中心辦理器捐勸募業務諸多缺失如下：
（一）器捐登錄中心董事長多年來由衛生署副署長兼任，造成業務執行及監督管理，皆為同一人之矛盾情形。該中心人事異動頻繁，不利穩定運作，人事制度欠周延。
（二）器捐登錄中心為增加器官勸募來源，在器官分配原則上，雖訂有優先分配機制，卻導致各器官勸募網絡醫院以爭奪合作醫院，作為增加器官來源方法，反使部分醫院等候移植病人不易受贈分配器官，有失公平。
（三）器捐登錄中心在器官勸募制度上，委託10家器官勸募網絡醫院以競爭方式運作，因家數多，使現行捐贈移植未必具備經濟規模，實有不當。
（四）國內每年器官捐贈人數約200人，可進行心、肺、肝、腎、胰、角膜等器官移植之醫院家數眾多，變動幅度又大，衛生署對於器官移植醫院數量及品質，應有管制機制，或建立器官移植數量較少醫院退場機制，以維護移植醫院品質。
（五）器捐登錄中心以抽訪、書面審核方式，對各醫院進行器官勸募網絡計畫及經費考核，並未對經費實際運用及移植作業流程全面實地查核，有欠妥當。
（六）器捐登錄中心在器官勸募網絡計畫招標上，對器官勸募醫院資格，雖明訂與合作醫院依地域簽約，但對相同體系、聯盟或委託經營之醫院並無限制，使各勸募醫院制度自成一格，各自為政，合作醫院分散全台各區域，造成捐贈器官跨區相互遞送，器捐團隊到處奔波，毫無效能可言。
（七）器捐登錄中心器官分配平台功能不彰，只提供各院勸募器官登錄及進行器官分配功能，沒有各勸募醫院登錄捐贈資料覆核及捐贈者移植相關病歷，供器官受贈醫院查核機制，各受贈醫院僅能依勸募醫院提供口頭訊息評估捐贈器官，容易導致因口頭訊息傳遞錯誤，發生錯誤移植情事，衛生署應檢討加強管理功能。
（八）器官捐贈「協調師」，即國外所稱「coordinator」，性質應屬聯絡人，並非具有專業資格人員，不應稱為「師」，衛生署自創名詞，賦予不必要權威，極為不妥。
二、臺大醫院對器官捐贈檢體檢驗結果，未督導器捐勸募小組落實執行以電話及查核電腦系統報告之雙重確認機制；檢醫部對檢驗結果以口頭通報，卻未制定專人統一彙報，反分由數人執行，通報機制紊亂；器官勸募小組人力編制及預算經費，皆未納入行政管理體系，明顯有疏失。