國防部在「戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例」補償期限將屆前，准許「財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪謀審判案件補償基金會」，以「除明示拒絕者外，均視同已於期限內提出申請」方式，納入未主動提出申請者，於法不合，監察院國防及情報委員會102年1月17日通過並公布監察委員黃煌雄提案，糾正國防部。
糾正案文指出，補償條例87年6月17日制定公布後，行政院為處理戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件認定及補償，設立補償基金會專責辦理相關事宜。依規定，補償金應由受裁判者或其家屬檢附具體資料，於申請期限前，以書面向補償基金會申請審查，國防部99年11月18日函示，准許基金會以「除明示拒絕者外，均視同已於期限內提出申請」方式，納入未主動提出申請者，於法不合，核有違失。