行政院衛生署未能本於主管機關權責，嚴格督促財團法人國家衛生研究院釐清定位，放任該院內部組織不斷發展，研究範圍廣泛，難以凸顯組織價值與成就，又未強化對國衛院董事會的監督管理機制，監察院財政及經濟委員會102年3月19日通過並公布監察委員李炳南、馬秀如、錢林慧君、尹祚芊提案，糾正行政院衛生署。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 國衛院定位及任務，隨人事更迭而變動，擔任衛生署政策智庫角色比重不明確，對研究解決國內重要疾病和健康問題的任務，與其他醫藥研究機構有所重疊，且生技研發成果專利或技術授權收入有限，績效有待加強。衛生署未能本於主管機關權責，嚴格督促國衛院釐清定位、達成任務並提昇績效，實有違失。
二、 衛生署對國衛院董事會主導能力相對不足，未能適切監督國衛院內部業務及發展方向，放任該院內部組織不斷發展、研究範圍廣泛，難以凸顯組織價值與成就，該署未能強化對國衛院董事會監督管理機制，實有怠失。