近年來國內銀行利率逐年下調，資金成本下降，交通部並未督促高公局趁勢積極規劃國道公路建設管理基金(下稱國道基金)債務舉新還舊，減輕利息負擔，改善財務結構，坐視高公局違反分基金財務獨立原則，讓高鐵基金影響國道基金財務操作；且該部逕自使用國道基金支付不具自償性、與國道無直接關聯的地區性道路興建費用，迄今未撥還款項，核有重大違失，監察院交通及採購委員會於102年5月14日通過監察委員馬秀如、陳永祥提案，糾正交通部。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 近年利率逐年下調，資金成本下降，惟交通部未督飭高公局利用此改變趨勢進行財務調度，積極規劃國道基金舉新還舊，減輕利息負擔，改善財務結構，核有怠失。
二、 國道基金於民國92、93及94年度有賸餘時，高公局竟以高鐵基金尚有短絀待填補為由，未依法律及預算分配賸餘，顯違分基金財務獨立原則；交通部坐視國道基金財務操作受高鐵基金影響，實有未當。
三、 本院前於民國90年糾正交通部遽將未具自償性且與國道並無直接關聯之地區性道路納入國道基金，由國道基金支付其興建支出，未遵守國道基金專款專用規定，嚴重影響基金財務與營運，惟交通部迄今未將該等支出撥還國道基金，殊有不當，且高公局迄今仍宣稱上開建設係屬國道基金自償計畫，顯屬不實。