國發基金未經行政院專案核准即投資宇昌公司，投資範疇改變也未陳報首長，國發基金管理會對於投資案相關作業及檔卷管理有諸多缺失，監察院財政及經濟委員會102年10月2日通過監察委員葉耀鵬、馬以工、馬秀如、李復甸提案，糾正行政院、行政院經濟建設委員會。
糾正案文指出本案缺失情形如下：
一、 國發基金未經行政院專案核准即投資宇昌公司，投資範疇改變也未陳報首長，行政院及經建會未能善盡監督及管理責任，均有未當。
二、 開發基金管理委員會未能選派設廠專家實地訪查南華案，所派專家又未能全程參與，簽辦實地訪查辦理情形未詳實，均有未當。
三、 國發基金管理會對於投資案相關作業諸多缺失，經建會未善盡管理責任。
四、 台懋生技創業投資股份有限公司申請國發基金投資，國發基金管理會及兆豐國際商業銀行辦理流程，迅速程度異於常情，且不符行政院國家發展基金投資創業投資事業之審查及管理要點規定，書面資料又欠完整，檔卷管理也有疏漏，竟核定巨額投資，均有不當。
五、 行政院政務委員簽辦宇昌案，竟未留存任何公文及檔案，行政院公文及檔案管理有嚴重疏失。
六、 國發基金管理會檔卷整理有欠完整，經建會提供立法院之相關文件錯植日期，均有欠當；錯植日期案件發生後，又對錯誤資訊、標註及增刪人員名單一無所悉，也有不當。