繼臺北市、高雄市及各縣市政府健保費欠款獲解決後，前行政院衛生署及前內政部兒童局躍升為健保欠款大戶，截至102年7月18日止，總計積欠49.09億元。監察院財政及經濟委員會102年10月2日通過監察委員程仁宏、楊美鈴、劉玉山調查報告，要求衛生福利部檢討改進。
調查報告指出本案缺失情形如下：
一、 前衛生署國健局未能隨人口老化及政府財務等因素，妥善管控預防保健經費並積極開拓財源，截至101年度止積欠前健保局24.89億元，殊有不當。
二、 前衛生署疾管局未能隨愛滋病治療情形，檢討管控愛滋醫療費用，致截至102年7月18日止積欠前健保局17.65億元，洵有未洽。
三、 前內政部兒童局未能依實際需求足額編列3歲以下兒童醫療補助預算，致截至102年7月18日止積欠前健保局6.55億元，亦有未妥。
四、 衛福部應督飭所屬妥為規劃籌編預算，並確實執行還款計畫，以逐年減少健保欠款。
五、 衛福部應考量健保財務負擔及健全性，妥為研議評估各項欠款加計利息之必要性。