內政部於民國96年將金門慈湖及周邊188公頃土地規劃為「國家級重要濕地」，其中約3成土地屬民眾私有地，該部事前未舉行說明會對土地所有權人溝通，監察委員黃武次、余騰芳102年11月13日申請自動調查，將深入瞭解本案適法性及相關作業程序是否完備。
監委指出，金門慈湖在96年由內政部自行推薦並逕自劃入「國家級重要濕地」範圍，而「濕地保育法」在102年7月3日公布施行。該法第40條規定：「本法公布施行前經中央主管機關核定公告之國際級及國家級國家重要濕地，於本法施行後，視同國際級與國家級重要濕地。」內政部即據此將金門慈湖納入國家級重要濕地，相關程序有無爭議？又該法第10條明定國家級重要濕地劃設應經評定、審議、公開陳覽、說明會等程序，究竟權責機關96年間慈湖劃設濕地作業，事前有無妥善規劃並與地主充分溝通？該劃設是否適用「濕地保育法」？對於範圍內私人土地有無相關補償計畫或配套措施？這些爭點影響濕地範圍內土地所有權人權益甚鉅，監察院將詳加深入調查。