行政院環境保護署補助地方政府辦理農地土壤重金屬污染改善計畫，未盡職責及效能過低；行政院農業委員會輔導農田水利會辦理灌溉用水水質監測、農糧署農作物監測管制等執行情形未盡周妥，均有違失。監察院財政及經濟委員會通過監察委員程仁宏、楊美鈴調查報告，要求行政院檢討改進。
調查報告指出本案缺失情形如下：
一、 環保署自99年起辦理土壤污染關聯性分析，並請地方政府對「潛在污染責任人」進行後續求償，截至101年底止，環保署代為支應16個地方政府辦理污染改善，金額達新臺幣5億2,626萬餘元，但實際獲得求償金額僅900餘萬元。該署未能有效提升地方環保局向「潛在污染責任人」求償之專業能力，又未有效督促地方政府善盡水污染稽查、處分職責，難以自源頭阻斷污染來源，應檢討改進。
二、 至102年8月31日止，土壤污染經公告列管場址中，完全未進行改善者尚有129筆，其中南投縣4筆已列管10年，臺南市有34筆已列管5年，彰化縣有9筆農地遭掩埋廢棄物，仍未研議具體清除處理計畫；臺中市、桃園縣、高雄市，也有農地甫整治完竣，又因灌溉渠道水質未改善，再度使得農地重金屬含量超過管制標準，徒耗費改善人力及經費。環保署對地方政府改善土壤污染督導不力，提供之專業協助不足，使珍貴國土無法提供糧食生產，應檢討改進。
三、 國內農地土壤未達污染管制標準，但所種植作物重金屬含量卻超過食用標準之農地約30公頃，農委會雖輔導縣市政府制定「農作物污染防制自治條例」，然「臺中市農作物污染防制自治條例（草案）」並未規定解除限制耕作相關條件，另部分縣市雖定有解除條件，卻因受限於土壤污染未達管制標準，而無法獲得經費補助，進行改善，致無法達到解除限制耕作之條件，農民被迫休耕或種植觀賞植物，復耕之日遙遙無期，損及農民權益。環保署應與中央、地方政府共同研議解決方案，以實現確保農民權益、落實污染防治與保障消費者食用農產品安全之三贏。
四、 環保署未能有效督促各地方政府依法執行列管場址巡查及監督作業，致土壤污染列管場址違法種植食用作物事件屢屢發生，影響國人食用農作物安全甚鉅；又未有效督導各地方政府研議「土壤污染列管場址經改善及驗證通過後解除列管」之標準作業程序，無法預期解除列管所需時間，有礙農民權益，環保署與農委會應協力解決。
五、 農委會於67年公告「臺灣省農業灌溉用水水質標準」，迄今已35年，卻未積極督促各農田水利會定期檢討圳路監視點代表性，截至100年，尚有521條圳路未設置水源水質監視點，且遲至100年起始全面進行評估及調整；另對於各農田水利會灌溉用水水質監測業務評比，重視不足，使得「水質監視」評分，僅占整體業務總評分2.4%，顯然難以發揮獎懲功效，應即檢討改進。（詳細新聞內容請見連結）