交通部鐵路改建工程局辦理「員林市區鐵路高架化工程規劃技術服務案」諸多違失。監察院交通及採購委員會103年5月13日通過監察委員林鉅鋃提案，糾正交通部鐵路改建工程局。
糾正案文指出本案缺失如下：
一、 交通部鐵路改建工程局辦理「員林市區鐵路高架化工程規劃技術服務案」，綜合規劃報告未臻周延，審查作業流於形式，辦理細部設計檢討發現，所需工程經費及辦理期程大幅增加，後續報院核定修正計畫經費增加45%，整體完工必須延後3年，顯有疏失。
二、 交通部鐵路改建工程局事先未與彰化縣政府充分溝通協調，草率委外辦理「員林車站專用區細部計畫擬定技術服務」案，又因彰化縣政府另委外辦理「員林火車站區周邊都市更新計畫第二階段都市計畫變更」案，都更範圍包括員林車站特定區，才終止上開技術服務案，徒耗公帑53萬餘元；又未善用行政院「推動公共建設方案」建立之協調處理困難問題機制，或依所訂溝通平台，儘速整合解決都市計畫變更相關爭議，致都市計畫變更案延宕4年始完成，顯有未當。
三、 交通部鐵路改建工程局未恪遵「政府公共工程計畫與經費審議作業要點」規定，將基本設計書圖與總工程建造經費，送請行政院公共工程委員會審議，嗣後提報4次經費均遭退回，且修正計畫未獲行政院核定前，逕行辦理工程發包，發包金額又超過原核定計畫總經費，預算控管失當。
四、 交通部鐵路改建工程局修正計畫辦理過程，未覈實檢討經費需求及計畫自償性，致修正計畫案迭遭行政院退回，修正計畫期程歷時長達2年6個月，顯有疏失。