國立臺灣史前文化博物館96年規劃南部科學園區分館，未依法妥適配置應有停車及地下空間，執行過程未符法定程序，徒耗計劃期程。監察院教育及文化委員會103年7月10日通過監察委員錢林慧君提案，糾正臺灣史前文化博物館。
糾正案文指出本案主要缺失如下：
一、 本案於規劃階段未依法妥適配置應有停車空間，復於增加計畫需求面積時未檢討修正計畫內容並提報行政院核定，即逕行委託設計廠商進行設計，執行過程核未符法定程序，並徒耗計畫作業期程，洵有違失。
二、 臺灣史前文化博物館辦理南部科學園區分館整體計畫時，未按行政院核定樓地板面積進行設計，亦未覈實檢討建築物地下空間配置，屢經當時主管機關教育部及行政院公共工程委員會要求修正，肇致耽延計畫執行，核有未當。