監察院指出，依憲法及憲法增修條文規定，中央、地方公務人員，如涉有違法失職情事，均為監察院監察職權行使對象，且人民陳情或檢舉，均為發動監察權之緣由，監察委員可對本案進行調查，應無疑義。
臺南市市長賴清德、副市長、秘書長等主管未列席臺南市議會專案報告及備詢等情，是否違反地方制度法等規定，除臺南市議會函請監察院調查，該市議會議長李全教等地方人士亦先後至監察院陳情，監察院於104年4月9日經內政及少數民族委員會決議，推派監察委員進行調查。
本案監委刻正依法進行調查中，相關人員是否涉及違失責任，議會開會程序是否不合法，致市長不列席，均須調查後始能知曉，監察院沒有預設立場。監察院將在蒐集相關資料、釐清案情，並完成相關調查及審議程序後，再適時公布調查結果。
監察院為釐清案情，已函請內政部表示意見略以，依地方制度法第84條規定，直轄市長適用公務員服務法，其行為有違法、廢弛職務或其他失職情事者，準用政務人員之懲戒規定。另本案臺南市賴清德市長未依上開地方制度法第49條規定，於臺南市議會列席說明及備詢，已有未善盡該法所課予之義務。臺南市議會亦函請行政院調查，行政院業已函復該市議會並副知監察院，指出本案應依「地方制度法」等規定辦理，另「公務員懲戒法」涉及監察院權責部分，將由監察院本於職責進行調查，釐清是否涉及違失責任。