部分政府捐助財團法人核有「稀釋政府捐助比率，規避監督」及「未評估捐助效益，甚至未將預、決算送審」等多項違失，經審計部多年審計，並結合監察院調查、糾正行政院及相關部會，已獲導正。如：經濟部監督之「台灣糖業協會」(曾改名「台灣武智紀念基金會」，現已復名)，接受公營事業捐助基金，卻逕認非來自政府(由100%稀釋為0%)；行政院農業委員會（下稱農委會）監督之「農村發展基金會」接受公設財團法人或公法人捐助基金，卻逕認非來自政府(由99.61%稀釋為0.25%)，現今都已回復。尤其「台灣糖業協會」億萬資產已回歸國有。
此外，監察院審議審計部「中華民國104年度中央政府總決算審核報告」，就審計部所提「部分財團法人迄未依預算法及決算法辦理財團法人效益評估及預、決算書送審，亦未將相關法人及事業機構資訊一併通報銓敘部公告，不利公務人員退休法之遵循」、「仍有部分財團法人短列政府捐助金額及比率，不利政府監督」、「財團法人法法制化推動」等多項重要審核意見，已請審計部繼續追蹤並查復。
監察院自98年起，即對許多政府捐助成立基金會(財團法人)，透過累積賸餘基金、交叉及假借私人名義捐助、捐贈不動產等種種不當方式，將官股基金會變成民間基金會，脫離政府掌握等情，持續關注並進行多次調查、糾正，要求行政院及有關主管機關確實檢討改進，具體改善成效如下：
一、有關監督政府捐助財團法人通案部分：
監察院於98年間，針對「行政院未能督促所屬善盡監督管理財團法人之責，致財團法人財產之項目內容標準各異，造成政府累計捐助基金比率之計算失準；行政院主計總處（下稱主計總處）長期漠視『累計政府捐助基金』之認定所延伸出之問題等，均有違失」案，糾正行政院。
主計總處隨即邀集相關機關，就政府捐助金額及比率之設算基準，研議一致性規範，並於99年3月2日函知各主管機關遵照辦理，具體內容為：(一)政府捐助基金累計超過50%之財團法人，自100年度起預算書應送審。計算公式回歸預算法第41條第4項規定，以「政府捐助基金比率」概念，按「政府捐助基金累計金額」占「基金總額」比率計算。(二)認定基準，則以創立時「政府原始捐助基金金額」占「基金總額」超過50%者，或預算陳報主管機關核轉立法院時，「政府捐助基金累計金額(包括：原始捐助、後續捐贈、賸餘及公積轉列基金)」占「基金總額」超過50%者，每年應由各該主管機關將其年度預算書，送立法院審議。主計總處已促請各主管機關全面清查政府捐助之財團法人，有無類此稀釋政府捐助基金比率之情事。根據審計部查報資料，政府捐助之財團法人列管家數自98年底之134家，截至104年底已補正為158家，增加24家，約17.91%。
二、有關「台灣糖業協會(「台灣武智紀念基金會」)」公私有爭議案部分：
監察院前於101年8月及10月，分別就(一)經濟部未依預算法規定，將主管「台灣武智紀念基金會」預、決算書送立法院審議，未善盡監督之責，及(二)「台灣武智紀念基金會」到院陳訴該基金會由民間捐助成立，非依預算法規定編列法定預算等情立案調查。
前案調查報告經提102年2月6日監察院財政及經濟、司法及獄政委員會聯席會議決議：經濟部未積極釐清「台灣武智紀念基金會」究否屬政府捐助之財團法人及其應否受政府監督，俾據以行使相關監督作為，洵有未當，應予改善見復。另，主管機關應積極推動加速完成「財團法人法」立法，俾據以有效且適當監督財團法人，避免以行政規則過度干預，函請行政院研議見復。
後案調查報告則提103年2月18日監察院財政及經濟委員會會議決議：有關「台灣武智紀念基金會」究係民間或政府捐助成立之財團法人，其所涉性質之爭議，應循司法程序解決，函請經濟部，將法院對於台灣糖業公司（下稱台糖公司）與台灣武智紀念基金會間相關訴訟及非訟程序之裁判情形，適時函復監察院。案經審計部查報，經濟部分別於105年4月22日與8月30日將「台灣糖業協會」104年度決算書及105年度預算書送立法院審議。
另有關台糖公司向法院聲請變更原台灣武智紀念基金會章程部分，歷經多次抗告、再抗告、再審等司法程序，終告定讞，基金會名稱回復為「台灣糖業協會」。台糖公司於105年1月8日取得「台灣糖業協會」法人登記證書後，接續辦理原台灣武智紀念基金會往來銀行相關帳戶變更、查調原不動產資料，並辦理所有權變更與清查租賃業務等事宜。據台糖公司估算，回歸政府捐助財團法人「台灣糖業協會」之資產淨值（扣除增值稅等支出），約有新臺幣（下同）30餘億元，市值當遠大於此。
三、有關「農村發展基金會」政府捐助比率導正案部分：
針對行政院農業委員會（下稱農委會）未善盡職責監督「農村發展基金會」乙情，經監察院調查後，於100年11月2日監察院財政及經濟、教育及文化委員會聯席會議決議通過糾正農委會，理由為：「行政院農業委員會漠視行政院函示『政府捐助基金累計超過50%之財團法人』認定基準，遲未導正財團法人農村發展基金會政府捐助基金比率未達50%之誤認；對於退休轉(再)任者之支薪爭議，未積極處理解決等情。」
經農委會查復，有關財團法人政府捐助比率之認定基準，依據行政院97年7月22日函計算，「農村發展基金會」之政府捐助比率僅0.25％，迄至行政院99年3月2日函，始明定政府捐助比率應納入政府捐助成立之財團法人或公法人，「農村發展基金會」依該計算方式計算其政府捐助比率為99.61％，已逾應送審預算書之門檻，爰函請該基金會依預算法規送預算書至立法院審議在案。有關退休公務人員轉任該基金會部分，涂前執行長已於99年5月卸任，林專委薪資亦已自99年6月1日調整，符合立法院95年度中央政府總預算案第12項通案決議及98年度中央政府總預算案第15項通案決議。
有關大學入學考試中心基金會等6家財團法人，係由中央政府機關(事業)捐助成立，其政府累計捐助基金比率逾50％，且累計捐助金額均超過1,000萬元，該等法人基金餘額與法院登記財產總額，合計分別為9.96億元及9.91億元，擁有鉅額資源及財產，業務性質具全國性；惟該等政府捐助之財團法人，其捐助章程對於解散後賸餘財產之處置方式，原均規範應歸屬於各該法人住所所在地之地方自治團體，而未明定應解繳國庫或其處置應報請主管機關核准，易使原屬全國性之公共資源僅由特定行政區域受惠，未盡周延乙節，審計部業於104年6月15日，函請行政院督促相關主管機關研謀改善，而教育部、文化部、經濟部及衛生福利部等中央機關主管之大學入學考試中心基金會等6家財團法人，均已參採監察院意見，將章程中原定解散清算後賸餘財產之處置方式，修正為解繳國庫、悉數捐贈中央政府或主管機關指定之機關團體所有，公共資源獲妥適維護，監察院及審計部並將持續監督。