不同意見如下：
一、 當年僅按「黨職併公職年資互相採計要點」（下稱黨職併公職要點），將特定社團與實質與公務人員之年資，併計為公務員年資，惟按公務人員退休法（下稱母法），限於依公務人員任用法律任用之現職人員。而公務人員任用法任用之公務人員年資，指該依法任用為公務人員後之年資，並無任何合併其他社會團體服務年資的空間。故該要點顯然逾越母法之授權。
二、 大法官釋字及司法院解釋，早已做出黨職人員非公職人員之解釋，該要點擅行規範黨職、團體年資併公職年資之內容，除逾越母法授權範圍，更悖離大法官釋字規定之黨務人員非公務員之憲法解釋，違反法律優位原則及法律保留原則。
(一)釋字5號：行憲後各政黨辦理黨務人員，不能認為刑法上所稱之公務員。（中華民國 41 年 08 月 16 日）
(二)釋字7號：行憲後各政黨、各級黨部之書記長，不得認為公務員。（中華民國 41 年 09 月 29 日）
(三)釋字20號：省黨部、省婦女工作委員會均係人民團體，其主任委員及理事，自非憲法第一百零三條所謂公職。至醫務人員，既須領證書始得執業，且經常受主管官廳之監督，其業務與監察職權顯不相容，應認係同條所稱之業務，公立醫院為國家或地方醫務機關，其院長及醫生並係公職，均在同條限制之列。（中華民國 42 年 07 月 10 日）
(四)司法院院解字第3717號解釋：中國國民黨中央宣傳部新聞通訊社分社主任及其所雇用之攝影記者，均非刑法上所稱之公務員。（中華民國36年12月15日）
(五)憲法第 171 條第一項：「法律與憲法牴觸者無效。」
(六)憲法第 172 條：「命令與憲法或法律牴觸者無效。」
三、 再查，「公職人員年資併社團專職人員年資計發退離給與處理條例」，並無牴觸法律不溯及既往、信賴保護原則及比例原則。黨職併公職要點頂多類屬行政規則，業於民國76年停止適用。而經廢止或變更之法規有重大明顯違反上位規範情形者，該信賴即不值得保護，此為大法官釋字第525號所明文。是以，本件雖有信賴外觀（即相對人信賴該黨職併公職作業要點存續效力），但因違反依法行政、法律保留等一般法律原則，信賴不值得保護，自無從適用該原則；縱認前依黨職併公職要點所核給退離(休)金類屬違法授益行政處分，本於同一理由，應無該信賴保護原則適用之餘地。
四、 況查，參酌行政程序法第118條，違法授益處分之撤銷，其法律效果為溯及既往失其效力，於此，受領人應按行政程序法第127條返還所受領之給付；而「公職人員年資併社團專職人員年資計發退離給與處理條例」，對於違法行政規則之溯及規定，亦是為調整此一不當得利之狀態，基於憲法第7條相同事件為相同處理之平等原則，應屬允當。
五、 且查，行政規則所規範者為行政內部事項，惟得經由行政自我拘束原則，而產生間接之外部效力，法官對於與憲法或法律不相牴觸之「有效規章」，雖不能排斥不用（釋字第38號解釋），但所謂憲法之平等原則，所保障者為法律上之平等，僅有合法之平等，而無不法之平等。本件黨職併公職作業要點，違背法律優位、法律保留原則，已如前述，則內容不合法之行政規則，所作成之不合法行政實務，亦無從按憲法平等原則產生行政自我拘束之效力。
六、 末查，按憲法第23條所示之比例原則，係為限制行政機關干涉人民自由權利，而要求在「方法」與「目的」間達成均衡。今本件系爭黨職併公職要點，違背法律優位、法律保留等原則已如前述，該等受益人並無從因違法之行政規則，取得系爭財產權利，僅有因該要點產生之信賴事實，所致之不當得利結果，自無憲法第23條比例原則之適用。