臺北市政府曾於民國60年代在屏東縣小琉球設置少年輔育院(下稱北少輔)，後因管理失當，導致院生暴動而出動軍隊鎮壓，造成多人死傷；卻因時值戒嚴時代，消息遭封鎖，以致事件真相仍遭塵封。由於事涉兒少人權，並可能有轉型正義等問題，本院獲悉後，即由張菊芳、紀惠容、葉大華等委員進行調查。經過廣泛蒐整各機關檔卷，以抽絲剝繭方式，尋得北少輔當年院生、員工，及琉球鄉耆老等多人進行訪談，並諮詢專家學者，全案調查竣事，調查報告經本院司法及獄政委員會審查通過，除移請法務部研處有無適用「促進轉型正義條例」之規定外，並盼藉由本案調查結果之公布，敦促持續深化我國人權法制之健全。
依據調查委員張菊芳、紀惠容、葉大華之調查結果，本件暴動導火線，係於民國63年3月9日因北少輔為處理一起院生鬥毆事件而召請當地駐軍布崗，惟經院生發現後，認為院方找軍隊過來抓人，因而群起鼓躁，進而演變成暴動搖房事變。當時該院全體學生一百六十餘人幾全響應，分持木槍、十字鍬、鐵錘、石塊等向維持秩序之武裝士兵直衝，後經維持秩序之武裝士兵開槍射擊，造成1人死亡，1人重傷，另5人受傷情事，暴動始告平息，暴動經鎮壓過後9天，於同年月18日屏東地檢處(現已改制為屏東地檢署)迅即完成偵結起訴，北少輔隨即辦理院生之移監事宜，不久後遣散完畢，北少輔即予裁撤。
調查委員張菊芳、紀惠容、葉大華進一步分析指出：民國56年7月1日臺北市升格為直轄市，與臺灣省政府成為平行機關，省府乃函請北市府應自行收容北市籍之受感化教育少年；但其後2年間台北市遲遲未能覓得合適院址，最終在中央政府出面協調下，於58年11月間經跨機關會議決議，將北少輔設於屏東縣琉球鄉，並委託警備總部職三總隊(下稱職三總隊)代為籌設與管理。然而，北少輔之成立實際上並無明確之法律(組織法)依據；且職三總隊原係關押檢肅「流氓」之組織，欠缺輔導受感化教育少年之專業，遂以軍事化方式進行管理。此外，北市府與臺灣省政府在法令未有規定及授權下，逕以省市協調會議決定省、市少年輔育院之收容採「二級制」，即頑劣及惡性重大者送小琉球北少輔、一般少年犯送其他省立輔育院、臺北市一般少年犯送桃園少年輔育院。該差別化之處置不但於法無據，對何謂「頑劣及惡性重大者」亦因屬不確定法律概念，使受指定收容之小琉球北少輔的管理與輔導難度均大幅提高，加之該院配置之人員欠缺少年輔導專業情況下，無疑雪上加霜，終釀成為發生本案院生暴動及流血鎮壓事件之悲劇。
調查委員張菊芳、紀惠容、葉大華強調，綜觀本案自北少輔成立，至發生院生暴動造成1人死亡、多人受傷事件之全案經過，案件當時之機關北市府、臺灣省政府、警備總部、北少輔等，均難謂無違失。惟事隔迄今已近50年，而北少輔更早已裁撤，不復存在，其後少年事件處理法之演進亦已從「教刑並重」(實則「以刑罰為主」，「以教育為輔」)，至86年大幅修正，確立了「保護優先主義」及「宜教不宜罰」之立法精神，軍事化之管理方式已大幅減低。
爰本案僅敘明當時相關機關違失及凸顯收容少年人權所受侵害等情，至於本案相關情節有無適用「促進轉型正義條例」之規定，已移請法務主管機關法務部依法研處辦理。並盼相關機關能以此案為鑑，俾持續深化我國人權法制之健全。