106年8月國內雞蛋陷入遭芬普尼污染疑雲，衛福部食藥署及農委會分別展開監測作業，惟似有不同檢驗結果，且蛋雞場違法使用農藥似行之有年，在在引發消費者疑慮。本案經監察委員楊美鈴、仉桂美、王美玉等自動調查，監察院財政及經濟委員會於今(7)日通過提案，糾正農委會放任蛋雞場長期違法使用芬普尼、畜牧場未依法設置或特約獸醫師。
監察委員表示，農委會為瞭解蛋雞場是否遭芬普尼污染，於106年8月7日啟動檢驗，且於8月25日發布新聞稿表示：「截至本(25)日下午17時止，全國蛋雞場均已完成採樣，全部已送驗計1,451件，已全數檢驗完畢，不合格計44件，不合格率約3%。」顯見國內蛋雞場確實有違法使用芬普尼情事，且經調查發現至少5至6年前即開始使用。至於雞農如何取得芬普尼？經農委會向相關地方政府瞭解後，其結果包括：「查無『興○農藥行』」、「紅蓋白瓶身罐裝不明物係向屏東陳姓商人購得，移請相關地檢署後續辦理」、「農藥為向朋友調取(不記得販售農藥行名稱)」、「係向業務員購買，但不知其身分，亦無聯繫方式」……等；而農委會於本院詢問時表示，就個別案件要查農藥上游來源是有困難的。證實部分蛋雞場早有使用芬普尼之慣行，與法令規範顯未相符，農委會對此竟未能掌握且毫無所悉，且於歐洲事件爆發後始進行清查，甚由各案例蛋雞場供述內容更可得知，竟已無法續追農藥來源。
監察委員再指出，畜牧法自87年制定公布施行迄今已近20年，該法第9條於制定時即規範「畜牧場應置獸醫師或有特約獸醫師，負責畜牧場之畜禽衛生管理」，其目的係以疾病防治須從防微杜漸着手，並由有執業執照之獸醫師負責畜牧場之衛生管理，亦即法令制定之初即已規定畜牧場應設置或有特約獸醫師；至於該法之落實情形，農委會竟無法確實瞭解各畜牧場設置或特約獸醫師之狀況，僅表示全國約有一半畜牧場未設置或特約，並稱專精家禽、家畜之獸醫師人力不足等語，然即使如此，卻怠未盤點各地區畜牧場需求及獸醫師人力實況，並進一步研謀具體解決方案，顯見農委會長期坐視該違法情事，致該規定形同虛設，未能發揮畜牧場衛生管理之效，確有怠失。
監察委員就本案所提調查報告中另指出農委會及衛福部相關缺失，一併函請檢討改進如下：
一、對於本次雞蛋遭芬普尼污染事件，食藥署僅抽檢10件雞蛋樣品，且抽檢對象均為銷售通路末端之超市賣場，復均屬盒裝蛋品，未涵蓋零售蛋商及散裝雞蛋等，爰不論樣品數及抽樣範圍均有疑義，其代表性明顯不足，該署於此情形下竟率先於106年8月18日發布新聞稿表示市售蛋品無檢出芬普尼，致民眾誤以為安全無虞，惟2日後(8月20日)農委會卻發現蛋雞場雞蛋有芬普尼污染情事，日後更擴大檢出多達44件不合格案件，凸顯食藥署前抽檢之作為草率不周；另農委會雖進行全國蛋雞場芬普尼檢驗，並於8月25日公布抽檢結果及對於檢出場進行移動管制等後續處理事宜，惟9月14日市場端仍檢出有遭芬普尼污染之雞蛋，顯見該會針對此事件所採行之全面抽檢方式及後續處理結果，仍未能免除國人食入遭芬普尼污染雞蛋的風險。
二、農委會對於農藥管理法中要求販賣業者應詢問購買者用途、開具販售證明及流向查核等管理措施，惟怠未就其相關配套措施「農藥販賣管理資訊系統」為積極推動及強化稽查作為，致該法所規定之相關機制，無法確實落實，衍生農藥流於非法使用。
三、農委會對於蛋雞場禽舍所應具備之環境衛生管理，未加以規範，卻僅於產銷履歷驗證及優良農產品等2項自願性驗證制度中，將禽舍環境衛生納為查核項目，而本事件中具該等驗證之蛋雞場均未檢出芬普尼，但其家數有限且雞蛋產量僅占國內整體產量之1成，是該會允應加強推動蛋品驗證制度，並全面建立蛋雞場之環境衛生管理措施，俾自生產端始即避免農藥噴灑或防止其他污染源之進入，以根本解決因飼養環境不佳而濫用農藥之問題。
四、農委會雖有推動雞蛋溯源標示制度，然本事件之初仍發生有蛋商換蛋致流向不明情事，嗣後雖經業者發現而得以追蹤其流向，但已凸顯雞蛋溯源之盲點，該會及食藥署分別負責牧場端及後市場端（通路及零售市場）之流向追蹤確認，自應正視並檢討溯源管理及流向紀錄等制度，確保可及時追查其產品流向，以免徒增消費者食安疑慮。
五、衛福部與農委會已於106年11月27日召開「食品衛生安全與營養諮議會」、「農藥技術諮議會」聯席會議，決議雞蛋殘留芬普尼標準為10ppb，同時刪除芬普尼於其他5樣蔬果之殘留標準，即使已獲致共識，但仍應持續檢討其他可能之芬普尼來源，確保國人攝取風險不致超出每日容許攝食量標準。