有關審計部105年度中央政府總決算審核報告指出，部分地方政府獲配菸品健康福利捐供私劣菸品查緝經費之支用有未符專款專用規定等情一案，監察院於6日財政及經濟委員會、內政及少數民族委員會聯席會議通過糾正財政部。
監委仉桂美、江綺雯、江明蒼調查發現，各直轄市及縣（市）政府101至106年獲配查緝經費計新臺幣（下同）979,560千元，實支數685,793千元，執行率僅70.01%，其中花蓮縣政府連續5年執行率不及6成，而新竹市政府甚至連續5年執行率不及5成。另賸餘經費293,767千元中，除保留150,826.94千元及轉入專戶26,076.27千元供以後年度辦理私劣菸品查緝業務外，餘116,863.79千元係逕行解繳市縣庫，未留供以後年度辦理私劣菸品查緝等用途，不符專款專用之規定，其中南投縣政府、雲林縣政府、花蓮縣政府及新竹市政府等有連續5年繳庫率均逾3成之情形。財政部雖已修正「菸品健康福利捐供私劣菸品查緝及防制菸品稅捐逃漏經費運用要點」，將地方政府獲配經費之比率由60%調降為55%，惟此一做法僅止於減少地方政府分配金額，對於支用情形仍欠缺積極督促作為，為使查緝經費確實依專款專用規定運用，財政部應適時檢視地方政府查緝經費之執行情形，並加強督促地方政府依菸捐經費運用要點規定支用查緝經費，以提升查緝績效。
監委並指出，依上開經費運用要點規定，財政部於必要時，得對地方政府查緝經費之支用情形進行實地查核。但財政部長期以來僅消極以函文要求地方政府應依專款專用原則辦理，又稱國庫署並無獲悉地方政府有重大違失案件，基於尊重地方自治，故未辦理實地查核。然監委調查發現，審計部早於102年函財政部，要求該部就菸酒業管理及督導查緝執行事項之缺失予以研謀改善時，即已指出98至100年間，各年度均有半數以上直轄市及縣（市）政府查緝經費執行率低於80%，而國庫署並未實地考核其支用情形，另部分地方政府查緝經費運用於研考會人事，或金融管理、查緝酒類業務費，或購置設備非專用於私劣菸品查緝，或列支非屬菸酒管理業務人員薪給及與查緝無涉之國外研習，有違專款專用原則等情。足見財政部任事態度消極推諉，對於地方政府獲配查緝經費之支用情形，長期未派員實地查核，肇致地方政府運用查緝經費之違失持續多年，確有怠失。
此外，監委表示，南投縣政府、屏東縣政府、新竹市政府、高雄市政府等有以查緝經費支應考察分攤款、員工尾牙餐敘與慰問花籃等與私劣菸品查緝業務無直接相關之費用，或購置非專用於菸酒查緝業務之電腦設備，或支用於非專責辦理菸酒管理業務人員之薪給等情事，亦有違專款專用原則。另監委也指出，財政部對於地方政府執行查緝經費有多次違反專款專用規定或遲未改善之情形，並未納入查緝經費分配指標項目計算，無法收儆示效果，亟待檢討經費分配機制，俾督促地方政府妥善運用查緝經費，一併要求財政部檢討改善。