中選會辦理九合一大選與公投過程，造成許多民怨，包括辦理地方選舉及公投當天至隔日凌晨投票、開票、唱票、計票、送出報告的程序；民眾投票場所空間與開放時間之妥適性；投票、開票同時進行之適法性等。是否影響民眾投票意願及公平選舉？監察委員張武修、楊芳玲已立案調查。
監察委員接獲許多民眾反映，中選會於24日辦理選舉及公民投票，行政作業上涉有違失，造成民眾困擾及不便。諸如，圈票處及票匭設置不足、作業緩慢、冗長，選務人員應變不足，民眾排隊久候，且延長數小時始完成全部投票。又排隊動線紊亂，民眾長時間排隊等候，甚至身體不適狀況；對於行動不便民眾，未有便民措施；陪同投票條件不一。投票程序複雜，公投案件數多且內容相似度高，提案文字文意不明，閱讀產生困擾，拖延投票時間。民眾於下午4時法定投票時間進入票所，未能找到正確排隊路線，導致被拒絕投票，因而發生爭執。投票尚未結束，部分已結束投票之投票所已進入開票，於媒體播送開票過程，致選舉失去公平性。中選會遲至隔日凌晨3時許始出面說明，監察委員認為均有進一步調查之必要。
公職人員選舉罷免法第57條及該法施行細則第12條規定，選舉人應列冊公告人數，且視選舉區廣狹及選舉人分布情形，分設投票所。中選會既事前規劃選舉含10項公投議題，且事先掌握總投票人數，為何過程中仍發生亂象？究投票流程時間之事先推估演練情形如何？選務人員訓練及人數是否充足？投開票期間是否已盡選務主管機關之職責，及時應變處理？監察委員表示，本次選舉疑有多項缺失，有必要進行事後檢討及究責，以回應民眾對於政府公正選舉的信任。