一、調整組織架構，力行組織再造
本院之組織編制，自六十四年修正組織法後，並未再修正，為因應政府再造運動，旋研擬修正本院組織法及各委員會組織法，並於八十七年一月七日修正公布，調整組織為四處、六室及七個委員會，分別為監察業務處、監察調查處、公職人員財產申報處、秘書處、綜合規劃室、資訊室、會計室、統計室、人事室、政風室、內政及少數民族委員會、外交及僑政委員會、國防及情報委員會、財政及經濟委員會、教育及文化委員會、交通及採購委員會、司法及獄政委員會。職員之編制員額並由原二二二人增加為二九六人。其中並仿傚香港、新加坡之廉政組織，增列監察調查處，並配置調查官、調查專員、調查員各二十八人。並將公職人員財產申報處由臨時編組納入正式編制。
二、充實調查人員，提昇調查能力
為提昇調查能力，加強專業調查，經修正本院組織法置調查官、調查專員、調查員共八十四人，已甄試具公務員任用資格，並具地政、法律、會計、工程、財經等專業能力之公務人員計二十九人，並舉辦監察調查人員特考，錄取具財經、法律、地政、會計、工程等專長者計三十七人，經調查技術之專業訓練且予相當實習後，擔任調查工作，預期對本院之監察調查能力，將大幅度提昇。
三、減少委託調查，增加本院自行調查比例
配合本院調查人力之加強，調查案件除涉及專業性、技術性案件，宜委託學術或專業機構或審計部、調查局、法務部調查外，以本院自行調查方式為主，以減少以往委託行政機關自行調查，予人有官官相護之嫌，難以取信陳情人，致為人所詬病，而本院自行調查可提昇調查品質，及樹立公正客觀的形象。
四、迅速答復陳訴人，詳實答復內容
依本院收受人民書狀及處理辦法第十三條之規定，人民書狀經本院處理後，原則上均應函復陳訴人，雖本院向來皆依規定辦理，惟迭有陳訴人或外界指責、批評本院函復內容部分過於簡略，或等候多時未接獲答復，不知辦理進度為何，經檢討後，於接受人民書狀經簽辦派查或其他處理情形，立即先行函復，使陳訴人知道處理情形，對函復內容亦視案情繁簡，力求詳實，以釋民惑。
五、財產申報資料全面查詢，為政府廉能奠基
依公職人員財產申報資料審核及查閱辦法第七條規定，受理申報機關﹝構﹞因陳情或其他情事，認申報人有申報不實之嫌疑者，應就其有無違反公職人員財產申報法第五條之規定，進行實質審核。本院為瞭解公職人員財產申報是否誠實申報，特訂頒「監察院公職人員財產申報陳情案件處理作業要點」、「監察院公職人員財產申報資料查詢作業要點」，辦理抽查作業，依申報人數民國八十二年申報財產資料抽查百分之三、民國八十三年及八十四年申報財產資料各抽查百分之五、民國八十五年財產申報資料抽查百分之七．五之比例辦理查詢。嗣院長於八十六年十二月十六日批示：「所有申報案件均須調查清楚，不可抽查。」本院組織法於八十七年一月七日總統令修正通過後，全院人事已完成調整，為貫徹院長指示，經研擬全面性查詢作業原則，並自八十七年三月起分期分批辦理全面性查詢，目前查詢作業正積極辦理中。此一措施果能貫徹執行，必能為政府廉能，奠定堅實的基礎。
六、強化監察權之各項業務管制及稽催
依本院業務管制考核實施要點規定，辦理本院監察權行使之各項管制與考核：包括委託調查、派查、調查意見及糾正案函送行政機關改善見復、糾舉案及彈劾案等，對上開各項列管案件之逾期未復者每月定期追蹤，再由本院承辦單位依規定函催或作其他處理。另為加速各行政機關，就本院所研提之各類案件之處理，與行政院研考會保持密切聯繫，並配合各項報表之管制稽催，以提昇本院行使監察權之績效。
七、建立施政計畫與工作計畫編訂制度
擬訂「監察院年度施政計畫及年度工作計畫編訂要點」於八十七年五月十二日發布實施，即首度編訂八十八年度工作計畫於八十七年八月二十五日經核定實施，並列入管考。八十九年施政計畫，亦於八十七年十月六日經院長核定後，送會計室據以編列概算，均為監察院歷來之創舉。
八、貫徹分層負責，力行工作簡化
配合本院組織法及各委員會組織法修正之實施，經檢討修正「本院處理公務分層負責實施要點」，並調整分層負責明細表之工作項目二五七項，增列十二項，使處理公務權責劃分更明確，而達貫徹分層負責之目標。並研訂「監察院各常設委員會簡化工作事項檢討表」，檢討「報告事項」十二項，「討論事項」二十五項；研訂「送提案委員、調查委員及巡察委員核簽事項」，檢討「核簽事項」七項，對改進委員會工作，促進工作簡化，其績效顯著。
九、加強研究發展，提昇監察功能
本院為研究監察制度與監察業務，加強研究發展，以提昇行政效能，而訂定「監察院業務研究發展實施要點」，以作為本院業務研究發展之依據，已完成之研究計畫有本院殷委員章甫主持研究之「監察院受理地政案件之研究」，業已於八十七年八月研究完竣，提報院會，其研究報告於八十七年九月出版，並將其研究結果及建議事項函請行政院檢討改進見復，並分送各部會及各縣市政府地政處﹝局﹞等機關參考。進行中之研究案尚有：吳委員水雲主持研究之「我國第二屆監察功能之探討」及趙委員榮耀主持研究之「各國監察制度之比較」兩案。
十、完成整體資訊系統規劃，奠定資訊發展宏規
本院之中型電腦主機使用已逾八年，作業系統及相關軟體已顯過時且無法更新，硬體維護亦日益困難，亟待汰舊換新。為配合電腦硬體汰舊，相關業務資訊系統必須重新設計，爰針對新組織法修訂後，各業務處室業務需要，重新規劃未來本院資訊系統發展架構，於八十七年六月完成規劃，並訂定三年發展計畫，以作為未來三年預算編列及資訊發展的藍圖。
十一、推行新公文世代改革：
本院自八十七年四月起，即研擬本院應行改革之作業項目，並訂定進度表管制各單位之執行情形；於八十七年十月分三梯次，對本院全體職員﹝除委員秘書外﹞進行研討訓練，以利全案之順利推展；為配合新公文世代之改革，同時研訂「本院表單標準管理要點」，於八十七年十一月一日起實施；其主要之改革為本院之各類表單改以尺度Ａ４或Ａ５用紙，各項會議資料亦配合使用尺度Ａ４用紙，並雙面印製，以節約用紙，力行環保。並配合各機關之進度，實施公文電子交換，為電子化政府跨出一大步。