本案糾正理由計有左列三項：
一、 先期規劃作業簡陋，無法據以執行，致須多次修改計畫，以延長工期及追加經費，核有違失：台灣鐵路管理局並未因應山線雙軌工程計畫，編列先期作業預算，而係以任務編組方式，由該局在職人員踏勘、測量、選線、完成紙上定線，擬訂計畫書送審，期間並未做地質鑽探作業，所選定路線，全憑工程經驗，依據外在地形地貌，致原計畫中隧道主體工程，預計工期四年，經費概算二十八．三億元，實際執行結果，工期修正為五年，經費預算驟增至七十億元，浪費公帑，延誤時效，顯見其規劃之粗略。此外，該局未於規劃作業綜合評估苗栗市區鐵路西移案，並向地方政府廣為溝通協調，遭致抗爭，工期延宕五年半，山線雙軌工程總經費原估計一０八．五億元，案經行政院八十一年五月廿九日台八十一交字八七一八號函核定修正為一六八．四四億元，計增加工程費五九．九四億元。
二、 計畫預定進度未合理訂定，實際進度未能反映計畫實情，工程管控作業顯有違失：依鐵路局所編山線雙軌工程歷年進度表顯示，八十一年預定進度為六０％，實際進度五六．六五％，落後三．三五％。八十五年度預定進度為八九％，實際進度八八．六五％，落後０．三五％。八十六年度預定為九六％，則與實際進度相符。惟該局分別於八十一年申請、奉准展延工期三年半；八十五年度進度僅落後０．三五％，卻申請、奉准展延工期一年半；八十六年度實際進度與預定進度相符，惟仍奉准展延工期一年。綜上所述，顯示該計畫之預定進度不合理，且實際進度亦未能反映計畫實情，致實際進度數據雖無落後，工期卻需大幅展延，核屬違失。
三、 橋樑、隧道等關鍵工程執行不力，致進度延宕，核屬違失：其中一號隧道長逾三年九個月始決標，大甲溪橋重建工程延宕近六年始完工，三號隧道工程招標前置作業耗時四年餘，核有違失。