糾正案文指出：八十八年六月五日瑪姬颱風來襲期間，海溢壹號等六艘香港籍百噸級滾輪式雙拖網鐵殼漁船，為了躲避瑪姬颱風，事先未通知我方情況下，竟直接進入馬公第三漁港停泊。澎湖防衛司令部、海軍一四六艦隊及水上警察局澎湖警察隊部等權責單位，未能事先防範因應，採取適當之緊急處置，致使六艘香港籍漁船，事先未經合法通報程序，取得高雄港務局馬公辦事處之核准，由馬公辦事處電台，引導入港停泊，而直接進入港區。且馬公港航道一向錯綜複雜，大型船隻需領港引水，才能順利停靠，今六艘香港籍百噸大型漁船，竟然不用領港，即能堂皇進入，顯示我國海防，確存有安全漏洞與管理缺失。
糾正案文並指出：澎湖防衛司令部為澎湖地區最高防衛指揮機關，負有協調、指揮、統合防區相關單位，共同防衛澎湖地區安全之責任，未能本於職責，積極督導、統合、協調有關權責單位，適時採取一切必要有效措施，致六艘香港籍漁船，趁隙駛入馬公第三漁港，顯有未盡職能之失，亟應檢討改進。海軍一四六艦隊未依照氣象實況決策，過早撤離澎湖防區海域，未預留必要船艦，供緊急應變，致無法即時派遣艦艇，前往攔截，依法處置，核有違失；另瑪姬颱風來襲，海軍一四六艦隊艦艇，均悉數返左營軍港避風，澎湖地區形同不設海防區域，如中共以偽裝機漁船滲透突襲，後果嚴重，應一併檢討，策定可行方案，以為因應。水上警察局澎湖警察隊警艇，未能於十二浬｜六浬海域內，監偵海溢壹號等六艘香港籍漁船行蹤，適時派遣警艇戒謢、引導或登船檢查；於接獲海軍澎湖作戰中心等單位戰情通報後，亦未立即派遣警艇依法處理，洵有疏失。