糾正案文指出：金門之地理位置與民情特殊，該地區存在包括農、漁民生計困難、工商發展陷入瓶頸、走私猖獗、大陸漁民侵擾、非法偷渡等問題，牽涉範圍廣泛，且相互關聯影響，但目前相關主管機關，事權分歧，聯合緝私之方案眾多，協調會報功能不彰，各任務單位本位主義濃厚，缺乏縱向指揮督導考核與橫向協調連繫機制，難以發揮整體防制走私能力，行政院未能規劃健全之制度，以有效統合權責機關，任憑走私事態惡化，至屬不當。允應如期於明年元月成立「海岸巡防總署」，定明海上查緝權責與指揮督導系統，並優先補足金門地區必需之警力，強化軍警偵察設備，以採取有效防制措施來遏止當地走私偷渡之猖獗。
就民眾與執法者之心態而言，大陸地區因工資及原料低廉，生產成本低於金門數倍至數十倍不等，私梟走私進口之農、漁畜產品，在轉售後，雖可獲得暴利，但將嚴重影響金門地區農、漁畜產品價格，打擊農、漁民生產意願及所得至鉅，又大陸人民偷渡到金門，居心叵測，嚴重影響當地治安與軍事防務，且極易帶入動植物與人畜共通疫病，危害動植物及國人健康；因此民眾之法紀觀念亟需加強，尤其關於小三通之迷思，更亟待予以破除。但金門縣政府並未積極進行相關之教育宣導工作，任憑民眾習以為常，視為理所當然；而執法單位又未嚴格依法行政，積極執法，尚且視若無睹，縱容不法，均有未當。