糾正案指出：農委會耗斥鉅額預算，執行「豬瘟及口蹄疫撲滅計畫」，其預算之分配及執行亂無章法，該計畫執行預算高達七億多元，竟有一大部分被趁機魚目混珠，作為房屋修繕費、機器維修費及購置設備費，由其編列預算之不務實心態及手法，非但令人懷疑農政單位撲滅口蹄疫之決心，究其故意編列非直接相關執行計畫費用之行為，更屬重大違失，應予糾正，以儆效尤。
糾正案復表示：台灣省豬隻大多抗體力價倍數低，免疫力差，這份每個月都會呈報之資料，己足以讓農政上級單位，充分瞭解地方政府執行「加強施打疫苗」，完全是陽奉陰違，沒有認真執行，但是農委會對於這樣一個強烈訊息，卻是習於形式行政的慣有模式，視而不見，無動於衷，既沒有採取任何的督促改進措施，僅由台灣省家畜試驗所在形式上按月例稿不痛不癢地發函表示：「根據抗體驗測結果顯示，各縣市豬隻口蹄疫抗體均偏低，應加強疫苗之免疫注射，防範疫病之發生」。既然對檢驗的結果不予運用，又何必編列鉅額預算進行檢測？
糾正案復認為：澎湖縣原為本省唯一非疫區，農委會行文要公告解禁，准許疫區豬肉進入澎湖縣，其政策與動物傳染病防治法的立法精神相悖，不但沒有圍堵反而擴大疫區，助長病毒之擴散，姑不論其動機為何，其位居全國最高主管機關，對於主管事項如此缺乏專業，對法律精神矇然無知，作此荒唐的政策，應予糾正，以儆來茲。