糾正案指出：淡水河流域面積計二、七二六平方公里，涵蓋台北縣、台北市、宜蘭縣、桃園縣、新竹縣與基隆市，供應大台北、桃園及基隆地區之民生及農工用水，為大台北都會區之經濟動脈，依水利法第四條規定，經濟部為中央水利主管機關，然迄未公告淡水河系究屬中央管河川或縣（市）管河川。其次，淡水河流域專責管理機關設置延宕，嚴重影響水資源及河川防洪管理效能，顯有疏失。
糾正案復表示：按國家設立機關，置官分職，各有職掌或管轄，旨在劃分事權，負責任事，以共同達到服務人民之目的。現內政部、經濟部與台北縣政府，對台北地區防洪第三期抽水站管理權責發生爭議，相互推諉，嚴重影響防洪計畫之執行。又防汛期將屆，然迄至八十九年三月中旬止，台北地區防洪第三期之抽水站接管及防洪之任務編組仍未完成。經濟部基於中央水利主管機關之立場，卻久懸未決，而上級主管機關行政院，亦未能重視此一問題之嚴重性，積極處理，以解決機關職權之爭議，均有疏失。