糾正案指出：經濟部水資源局補助雲林縣土庫、四湖、水林、莿桐等四鄉鎮公所，辦理排水維護及改善工程計四十六件，補助金額一億五千餘萬元。其中四湖鄉公所八十八年四月二十日四鄉建字第四一一八及四一一九號函，分別申請補助經費二千萬元及三千萬元，其檢附工程計畫書所列工程金額，分別為二千一百萬元及二千九百萬元，與函文申請補助金額不一；土庫鎮公所申請函中，敘明申請補助原因為「該道路為重要出入道路，為改善當地交通，縮短行車時間…」，與附件排水改善工程計畫之辦理緣由不符；水林鄉公所八十八年四月廿六日第四五四一號申請補助函，未蓋機關首長簽字章。該局對上述謬誤審查結果，除對水林鄉未蓋機關首長簽字章之申請案件六件，金額二千萬元刪除外，其餘四十件，金額一億三千餘萬元則全數照准。
糾正案強調：全台各縣市及鄉鎮，對所轄區域防洪排水維護及改善需求甚多，工業局理應通盤規劃、排定優先順序，據以循序推動，俾使有限資源發揮最大效益。惟本案係由鄉鎮公所直接提出計畫需求，且跨越縣市政府層級，直接撥款補助鄉鎮公所，漠視水利整治為縣市政府自治事項之事實，致外界批評有黑箱作業之嫌，殊應切實檢討導正。