糾正案文指出十一項違失如下：
一、 內政部於古蹟評鑑會議評定該案列入古蹟後，延宕辦理指定公告事宜，肇生諸多紛爭，殊欠允洽。
二、 「研商文化資產保存法第二十七條修正後之相關因應措施會議」決議部分內容耗費行政資源，徒使程序趨於繁複；而內政部函轉立法院決議，不但牴觸前開會議之決議，且有虛應了事之嫌，並有疏失。
三、 文化資產保存法施行細則未配合授權母法修正，有悖行政行為明確性原則，殊值商榷。
四、 苗栗縣政府徵求五穀宮是否同意該案畸零地列入古蹟，顯有違失；而其進行該案古蹟審查指定程序態度轉趨消極，令人質疑。
五、 苗栗縣政府函復內政部函轉之立法院決議，未盡客觀詳實。
六、 第二次評鑑審議會議，出席學者有所出入，徒啟外界質疑，難謂允當。
七、 苗栗縣政府辦理五穀宮古蹟評鑑事宜，囿於廟方抗爭，遲未循序辦理，並影響評鑑會議結論的作成，形成古蹟審查指定之負面教材，核有欠當。
八、 五穀宮遽遭廟方僱工拆除，苗栗縣政府未善盡保護之責，難辭其咎。
九、 古蹟審查指定心態消極，欠缺行政的一貫性與連續性，且文化資產保存觀念，顯有偏差。
十、 寺廟監督法令規範功能不彰，亟待內政?q盤檢討修正，使趨完備。
十一、五穀宮坐落土地，依「公館都市計畫說明書」劃設為「保存區」，在未經通盤檢討變更使用分區、且古蹟爭議未定之情形下，遽遭拆除，顯見五穀宮管理委員會藐視政府公權力，宜請苗栗縣政府依法追究；五穀宮重建事項，並應由苗栗縣政府適法加以監督。