糾正案指出四項缺失如右：
一、 行政院環境保護署對廢機動車輛回收清除處理費率，未訂定客觀之審核標準，八十六年一月至五月處理費率，於多次核定後又一再變更，反反覆覆，衍生諸多爭議，有損政府公信力與形象，確有違失。
二、 環保署對八十六年一至五月廢機動車輛回收清除處理費率，一再變更核定，拖延不決，遲至八十八年十二月廿四日才再核定，延宕近三年之久，顯有行政怠惰之疏失。
三、 環保署未確實依廢棄物清理法第十條之一規定期限內，監督一清基金會依法移撥賸餘相關費用，洵有疏失。
四、 環保署於八十八年十二月核定之八十六年一月至五月處理費收取標準，與其前後各期相差懸殊，該署未提出合理妥適說明，致遭外界質疑，並指責有圖利業者之嫌，洵有不當。