糾正案文指出：
一、 行政院及農委會，對農田水利會公法人體制之調整，欠缺一致性，幾經修法與變更政策，迄無定論，影響水利會之組織、業務與功能至鉅。
二、 主管機關之監督、輔導組織不夠健全、權責劃分不清，復未能因應社會變遷，提出有效對策，任令水利會貧富差距擴大，富者動輒捐贈鉅金，貧者仰賴政府補助，業務未受重視，監督、輔導績效不佳，核有諸多缺失。
三、 政府對農田水利會之補助原則，相互矛盾，對於財務充裕、有能力捐助財團法人之水利會，亦予補助，並按多年前之會費標準齊頭分配，未考量各水利會業務消長等，諸多不合理，均有礙農田水利會健全發展。
四、 部分農田水利會，鉅額捐贈財團法人，其法據令人質疑，缺乏客觀標準，且未能有效監督捐助目的之達成，實有浮濫之嫌；主管機關亦大開方便之門，未嚴予把關，防杜利益輸送。
五、 各農田水利會之會計制度與作業方式不一、不動產捐贈未列為費用，致當年度餘絀，未能真實反映，先行捐贈再補辦預決算程序，捐贈之帳面與實際價值差異甚大，卻未充分揭露資訊，核有諸多缺失。