監察院交通及採購委員會會議本（二十）日通過並公布謝委員慶輝所提糾正交通部台灣鐵路管理局案，案由為：「交通部台灣鐵路管理局年年虧損，截至九十年度止，累計虧損已高達九八三．一三億元；然該局長期以來，針對退撫卹償負擔及獎金項目繁多，肇致用人費用偏高；組織層級過多，事權分散，人力資源未能有效運用；行車事故頻繁，未能落實獎懲制度；土地、房舍管理不當，長期遭占建、占住，甚有購地未辦理所有權移轉之情形；以及指定台灣鐵路貨物搬運公司為貨物裝卸人，影響作業效率，有失公平競爭原則……等諸多問題沉痾，卻未能積極謀求改善，顯有違失。」由本院函請交通部轉飭所屬，於二個月內檢討改進見復。
糾正案指出台鐵九項缺失如左：
一、 台鐵歷年未能針對經營體制及財務狀況，研擬有效改進措施，規避問題癥結、粉飾太平，坐視行政效率低落、經營績效不彰及退撫負擔日益沈重，顯有未當。
二、 台鐵財務日益惡化，流動比例偏低、償債能力比例呈負數狀態，又因八十八年台鐵資產重估，使固定資產周轉率降至三．四八，資金總額獲利率為負數，且逐年下降，顯示台鐵已入不敷出、無力償債，須處分資產或以債養債；台鐵未能適時提出具體可行方案，以改善財務狀況及提高營運績效，核有未當。
三、 台鐵用人費用八十八年度達一八二．一四億元，占營業收入之八七％，其中退撫卹金額由七十九年度之二十四億元增至八十八年度之五十一億元，已占用人費之二八％，然卻遲至八十八年一月一日起始改適用公務人員退撫新制；又獎金項目繁多，計達二十三項，致增加用人費用支出，台鐵均未適時積極改革，顯有欠當。
四、 台鐵組織龐大，層級過多，各地區事權分散，人力資源未能有效運用，且未能徹底檢討組織架構之運作及所屬單位之績效，而採齊頭式之裁減方式，無法達到組織層級扁平化、事權集中、降低營運成本之效果，洵有未當。
五、 台鐵所屬員工生產力偏低，且未重視所屬各單位之勞動生產力之差異，致有勞逸不均之情形，顯欠允當。
六、 台鐵事故頻繁，近三年因鐵路工程施工、設施維護或管理不當之行車事故，計有九十餘件，除嚴重影響乘客權益外，傷害台鐵經營形象更鉅；台鐵應加強車輛及設備之檢修、更新與人員訓練，並落實人員獎懲制度，以減少行車事故。
七、 台鐵對於土地、房舍之管理不當，長期遭占建及占住者，未予依法處理，甚有購地未辦理所有權移轉之情形，核有疏失。
八、 台鐵未妥適辦理台北車站二樓商業層出租案，致纏訟十餘年未決；且辦理台北臨時車站屋頂平台廣告租約不當，未依合約規定拆除廣告物及積極主張使用、管理及收益之權，致使廣告承租商續向廣告主收取廣告費，獲取不當得利，致生減少公帑收入之情事，顯有疏失。
九、 台鐵現行貨運承攬運輸，係採運務處、承攬人及台灣鐵路貨物搬運公司之三級制，層級過多；又台鐵指定台灣鐵路貨物搬運公司為貨物裝卸人，增加貨物搬運流程，影響作業效率，有失公平競爭原則，顯有未當。