監察院內政及少數民族委員會，本（三）日通過並公布林委員鉅鋃、李委員友吉、林委員將財、趙委員昌平、廖委員健男所提：糾正行政院案。案由為：金門、馬祖與大陸地區試辦「小三通」，其所據以訂定法規命令之法律授權，未臻具體明確，顯與依法行政原則相違背；實施迄今尚難達成「促進離島地區之建設與發展、增進兩岸良性互動，改善兩岸關係」之規劃目標；且當地民眾認知與政策及法令規定，落差甚大；安檢及檢疫工作，亦無法落實執行，非法交易仍然盛行，行政院暨相關部會，執行「小三通」業務成效不彰，洵有違失。由該院送請行政院切實檢討，並依法妥處見復。
案文中指出：
一、 金門馬祖與大陸地區試辦「小三通」，法制尚欠周妥，其所據以訂定法規命令之法律授權未臻具體明確，顯與依法行政原則相違背，主管機關應審慎檢討，有關實施「小三通」相關之法律、法規命令、行政規則等規定，以建構周妥之法制規範，落實依法行政之原則。
二、 政府實施「小三通」迄今已逾一年餘，尚難達成「促進離島地區之建設與發展、增進兩岸良性互動，改善兩岸關係」之規劃目標，政府相關作為亟須調整。
三、 政府實施小三通前，相關主管機關並未妥適擬定周密之配套措施，預先研判地域特殊因素，掌握問題核心並籌謀解決，造成政策與法令之矛盾（如除罪化），執法者與人民之對立，顯有未當；且政府小三通基本政策，乃規劃金門、馬祖與大陸福建地區，進行「邊區貿易」，乃至「邊區經濟合作」，惟事實上，陸委會第一階段開放之目標，僅止於「通商口岸」式之國際貿易模式，而金馬地區人民、地方政府及民意機關一致所期待者，則是「免稅自由港特區」。如此對小三通模式，從法令規定，政策目標，乃至民意需求、與民眾期待落差甚大，民眾滿意度偏低，政策宣導成效不彰，至為明顯。
四、 金馬地區漁船管理、安檢，未依法落實執行，私載旅客或公開赴大陸採購貨物案件頻傳，甚有走私毒品入境情事，嚴重影響地區治安；且非法走私物品充斥，檢疫工作無法落實，相關權責單位迄無有效對策，顯有疏失。