監察院財政及經濟、教育及文化兩委員會聯席會議本(四)日通過並公布李委員友吉所提糾正行政院及其所屬主計處案。案由為：「行政院及其所屬主計處，於編列九十二年度中央政府總預算案時，將國家科學技術發展基金之預算，編列於非營業基金項下，未依照立法院審查九十一年度總預算案通過之主決議辦理，違反預算法相關規定及大法官會議釋字第五二○號解釋之意旨，洵有疏失。」由該院送請行政院轉飭所屬，切實檢討並依法妥處見復。
糾正案指出：立法院九十一年一月十八日審查九十一年度中央政府總預算案附屬單位預算及綜計表時，針對國家科學技術發展基金預算編列方式，三讀通過決議，略以：「為有效管理及控制國庫財政收支，完整表達總預算之歲入、歲出總額，請該基金應依預算法第十八條第二項規定，自九十二年度起編列單位預算，納入總預算內，以符法理。」惟行政院及其所屬主計處，未依照立法院通過之主決議辦理，於編列九十二年度中央政府總預算案，仍將國家科學技術發展基金編製於附屬單位預算，顯有未當。
糾正案並表示：立法院審議國家科學技術發展基金九十一年度預算，既經多數委員，依法定之議事程序，決議：該基金自九十二年度起，應以單位預算方式編列，行政院若認為執行有困難，應由行政院與立法院朝野黨團協商，達成妥當解決方案，行政院如能妥慎處理，並盡力協調，爭取立法委員認同、支持，當可避免衝突、獲致妥當解決方案，惟行政院不循此途，為適當之處理，於編列九十二年度中央政府總預算案時，仍將國家科學技術發展基金編製於附屬單位預算，顯然有違行政院對立法院負責之憲政體制，亦未尊重立法院之職權，並對行政、立法對預算共同協力完成之預算高權，造成嚴重之斲傷，殊有未當。