監察院教育及文化委員會會議，本（十五）日通過並公布林委員秋山、林委員將財、陳委員進利所提糾正教育部及行政院國家科學委員會案。案由為：教育部及國科會辦理卓越計畫，未於事前依規定，列明全部計畫之內容、經費總額、執行期間及各年度之分配額；且僅有半數經費，用於原計畫宗旨之用途，而後續規劃所謂子計畫與延續計畫，與卓越計畫基本目標，顯有悖離，教育部規劃作業過於粗糙、程序未臻嚴謹；執行單位疊床架屋，權責劃分不無混淆之處；核有重大缺失。已由該院送請行政院轉飭所屬，切實檢討並依法妥處見復。
糾正案文指出：卓越計畫，原計畫耗費一三○億元，執行期程預定為四年，後因配合實際執行情形，而延為七年，其性質係屬「繼續經費預算」；惟該計畫事前並未依預算法之規定，列明全部計畫之內容、經費總額、執行期間及各年度之分配額，編列各該年度預算；且未能於事前與各界充分溝通、取得共識，並因外界質疑，而一再變更其子計畫，不僅違反預算法「繼續型計畫」經費編列之規定，且卓越計畫第一梯次及第二梯次之法定預算總額為六五．三億元，僅為原計畫經費總額之半數，益證原先規劃涉有誇大、不切實際之失，而後續規劃之所謂子計畫與延續計畫，與卓越計畫基本目標顯有悖離，均有不當。
糾正案文並表示：教育部規劃之卓越計畫，顯為體制外加給，每件計畫獲得補助金額高達二億三千餘萬元，與科學技術基本法，彰明學術發展，應求穩定成長之旨意，顯有未合；而拔尖取向之卓越計畫，不宜將之與改善教學基礎建設混為一談，兩者應為不同之計畫，有不同之申請條件、審查標準及計畫目標，才能使各學術單位有所遵循。惟教育部規劃之卓越計畫，一方面強調追求卓越，另方面卻又要促進基礎建設，二者顯有扞格，顯示卓越計畫之規劃作業過於粗糙、作業程序未臻嚴謹，以致外界質疑不斷，甚至引發公立與私立大學爭食大餅之對立，殊有不當。