110年4月2日臺鐵局第408次太魯閣號列車出軌撞擊清水隧道北口事故，造成49人死亡、3百餘人受傷，財務損失及賠償初估約16億元以上之事故，係因107年普悠瑪號第6432次列車出軌事故後，就行政院「臺鐵總體檢報告」所列各項改善事項，交由交通部督導臺鐵局據以執行，惟該局未建立委外業務之稽查制度，未盡安全責任（總體檢報告列管編號2102，下同），且欠缺工地風險危害意識，漠視安全文化（列管編號2203），皆有違軌道沿線施工路段應加強施工安全相關措施（列管編號1303），卻將該等總體檢報告列管事項解除管制，而無法落實鐵路法第56條之3所定，鐵路機構應確保鐵路行車安全，且此係臺鐵局的社會責任，卻卸責於外包廠商等違失，肇致發生上開事故。監察院於9月6日審查通過提案委員葉宜津、蔡崇義、鴻義章、張菊芳及王麗珍所提彈劾案，經審查委員審查以同意：不同意票張政源（12：1）、祁文中（12：1）及陳仲俊（13：0）通過3人彈劾案，移送懲戒法院審理。
監察委員葉宜津、蔡崇義、鴻義章、張菊芳及王麗珍均表示，被彈劾人張政源就行政院「臺鐵總體檢報告」144項改善事項，其中有關列管編號1303、2102及2203等3項，係由臺鐵局組成之安全改革小組分別於108年5月21日、109年8月28日及同年5月14日召開安全改革小組會議先行內部研商及討論後做成會議結論，3次均由張員擔任主席分別於108年5月31日、109年9月16日及同年6月30日，經該局由外聘委員及內部成員組成「安全管理委員會」研商及討論後做成會議結論同意已完成，函報交通部審核解除列管。被彈劾人張政源為臺鐵局局長，職司指揮監督之責，然由本次事故之發生肇禍原因，竟因臺鐵局對行政院「臺鐵總體檢報告」交付辦理之攸關鐵路行車安全確保之安全責任與安全文化等改善事項未能落實執行，有違鐵路軌道沿線施工路段應加強施工相關安全措施之基本要求，致生本次事故。顯見張員怠於執行職務，疏於指揮監督之責，未能依規定執行其職務，且未善盡謹慎勤勉及力求切實之職責。
被彈劾人祁文中就行政院「臺鐵總體檢報告」144項改善事項，其中有關列管編號1303、2102及2203等3項，係參循鐵路機構定期檢查機制，分別於109年1月14日、同年10月13日及9月15日由臺鐵局及鐵道局共同主持召開總體檢解除列管原則會議討論，依會議結論解除列管事項，由交通部分別於109年3月16日、同年10月29日及10月23日函臺鐵局同意解除臺鐵總體檢該項列管事項，已有督導不周之實，又為臺鐵局代理局長期間，職司指揮監督之責，然對行政院「臺鐵總體檢報告」交付辦理攸關鐵路行車安全確保之安全責任與安全文化等改善事項之後續執行，竟疏於鐵路軌道沿線施工路段應加強施工相關安全措施之基本要求，且持續以交通部常務次長職務督導臺鐵局業務，仍於代理局長期間發生本次事故。顯見祁員怠於執行職務，有督導不周及執行不力之失，未能依規定執行其職務，且未善盡謹慎勤勉及力求切實之職責。
被彈劾人陳仲俊就行政院「臺鐵總體檢報告」144項改善事項，其中有關列管編號1303、2102及2203等3項，係由臺鐵局工務處提出解除列管，亦為落實執行之單位，嗣由該局組成之安全改革小組分別於108年5月21日、109年8月28日及109年5月14日，內部研商及討論後做成會議結論，後送該局「安全管理委員會」研商及討論同意完成，故提出解除列管建議之主辦單位不可免責。被彈劾人陳仲俊為臺鐵局工務處處長，職司指揮監督所屬花蓮工務段之責，然對「臺鐵總體檢報告」交付辦理之攸關鐵路行車安全確保之安全責任與安全文化等改善事項未能落實執行，有違鐵路軌道沿線施工路段應加強施工相關安全措施之基本要求，致生本次事故。顯見陳員怠於執行職務，疏於指揮監督之責，未能依規定執行其職務，且未善盡謹慎勤勉及力求切實之職責。
5位提案委員皆表示，被彈劾人張政源、祁文中及陳仲俊等人所為上述各項違失，終致發生本案重大死傷之行車事故等情，違失情節重大且明確，核有公務員懲戒法第2條第1款之應受懲戒事由及懲戒之必要，爰依憲法第97條第2項及監察法第6條之規定提案彈劾，並於本年9月6日審查通過，移請懲戒法院審理，依法懲戒。