審計職權依審計法第3條規定，由審計機關行使，掌理政府及其所屬機關財務之審計，主要任務為監督政府所屬全國各機關預算之執行、審核財務收支、審定決算、考核財務效能、核定財務責任及稽察財務（物）上違法失職之行為。中央政府及其所屬機關財務之審計，由審計部辦理；各直轄市政府及其所屬機關財務之審計，由審計部於各該直轄市設審計處辦理；縣（市）政府及其所屬機關與鄉（鎮、市）財務之審計，則酌設縣（市）審計室辦理。
中華民國政府審計業務，始於監督政府預算之執行，而終於核定財務責任。立法機關議決預算案，行政機關執行法定預算，而審計機關監督預算執行與審定決算，發揮立法、行政、監察分權制衡之精神。
審計機關辦理審計事務，除為適正性、合規性之審計外，並注重效能性之審計。