自民國50年代起，國內廢五金回收業者從國外進口廢電線電纜等廢五金加以拆解回收，二仁溪中游流域成為處理廢五金回收與提煉的工廠聚集地，而處理廢五金所產生之廢棄物大多於沿岸就地棄置與掩埋，造成二仁溪水質污染及環境劣化。政府雖已投入數十億經費，歷經多年整治，然106年6月及107年8月起陸續由相關單位通報，經臺南市環保局調查，計有3處較具規模廢棄物棄置掩埋點有廢棄物露出，且該廢棄物種類為前述60、70年代廢五金回收後之丟棄物。其中2處較小規模的棄置點經土地管理機關全數挖除，並移至臺南市舊動力計站暫置。惟二仁溪南萣橋上游450公尺河灘地之棄置點，該處初估有害事業廢棄物10,900公噸、一般事業廢棄物390公噸，廢棄物總處理費用約為3.33億元，清除處理費用龐大。
環保署及臺南市政府依據廢棄物清理法第71條規定，認定水利署在查無污染行為人的情況下，為負有清除處理前揭2處棄置點廢棄物之責的權責機關。水利署則以二仁溪係於88年起始由縣（市）政府移交水利署管理，並改列為中央管河川，水利署非該60、70年代大量廢棄物棄置時之主管機關。因發生前述權限爭議，且清除處理費用龐大，迄今仍未能妥善處理該處廢棄物，肇致環境生態持續受影響。
監察委員田秋堇、蔡崇義指出，本案發生權限爭議未解，該處廢棄物數量龐大，採取就地穩定化處理或全數移除至今無法定案，行政院應居於領導者地位，積極介入協助釐清主管機關管轄爭議，避免本案權責不清情事再次發生；並協助環保署、水利署及臺南市政府等機關，儘快處置作為並審慎妥處棄置點之大量事業廢棄物，積極與當地民眾及環保團體建立共識，俾減少二仁溪生態環境之破壞，促使二仁溪持續蛻變重生。
監察委員田秋堇、蔡崇義亦指出，本案中水利署依據監察院98年調查報告所訂定之「中央管河川區域內土地遭棄置廢棄物處理流程」，屬於行政規則性質，且其內容有悖於廢棄物清理法第71條之規定，水利署不宜以該處理流程拘束環保署及臺南市政府等他機關之行政行為，或因此形成管轄權限爭議，允應儘速修正所頒「中央管河川區域內土地遭棄置廢棄物處理流程」，回歸相關法制規定。
此外，臺南市政府對於民國97年發現不肖民眾在二行娘娘廟附近魚塭違法掩埋大量鋁渣廢棄物案件，事前未能積極查處，事後復未對廢棄物清除處理流向加強監督掌控，致使全案延宕十餘年未能妥處，斲傷政府機關執法形象，臺南市政府應檢討改進。
二位監察委員表示，為避免主管機關考量日後無法回收代處理之費用，不願耗費大量人力及經費代為執行，使違法棄置廢棄物案件長期無法復原，本案請環保署提出廢棄物清理法修正草案，使主管機關於確認廢棄物清理義務人及限期清理同時，即有權對其財產執行假扣押，避免不肖民眾脫產而無法求償或及時代為履行清理義務。