監察院於97年9月16日下午，召開財政及經濟委員會議，會中審議第四屆監察委員就任以來完成之第一份調查報告。該報告由程仁宏及楊美鈴兩位監察委員針對衛生署及健保局對於8月初喧騰一時的健保IC卡斷卡危機之處理有無違失，進行調查。8月7日，二位監察委員即前往健保局台北聯合門診中心實地瞭解、調閱相關卷證，並約詢衛生署署長及健保局總經理等相關人員。
調查發現，健保局於6月24日即獲知與東元公司續約有違反公職人員利益衝突迴避法疑慮，並明知與東元公司之契約將於8月6日到期，故要確認與東元公司續約之合法性及研議未及簽約之相關因應及配套措施，乃最具急迫性及重要性之事項；詎健保局初期未積極釐清其適法性，卻希望藉口頭報告尋求衛生署之同意及免除法律之適用，處理方式有欠允當，後因衛生署之要求才於7月4日函請衛生署核示；衛生署對於此件影響民眾權益甚巨之事件，亦未能認清事務本質之嚴重性，收受公文後只循一般公文會辦方式處理，直到7月21日才轉請法務部函示，對急迫且具重要性之公文，竟耗費18日辦理。
又斷卡危機在6月底開始浮現，但直至8月初健保局僅提出以紙卡因應之方式，卻未能提出完整之配套措施，造成民眾無所適從、人心浮動，輿論爭相指責，政府行政效率飽受質疑，事後雖因東元公司無償提供製卡設備而解決，實難謂衛生署與健保局處理得宜。
調查報告另指出，行政機關施政應兼顧合法及效率，本案衛生署及健保局雖無違法情事，但整起事件處理過程行政效率不彰、危機處理能力不佳，未能未雨綢繆及苦民所苦，除將造成民眾就醫之不便、影響醫療品質與用藥安全，更嚴重危害民眾權益及健保特約醫療院所作業，並損及政府威信甚巨，爰對衛生署及健保局提出糾正，並要求具體檢討改善，並將改善措施及結果函復監察院。