監察院財政及經濟委員會議於97年11月18日通過對衛生署處理大陸含三聚氰胺之乳製品輸入國內，造成民眾恐慌、業者不安，有所違失之糾正案。該報告係於三鹿奶粉事件爆發之初，即由監察委員程仁宏申請自動調查，余騰芳委員輪派調查。二位監察委員經約詢衛生署前署長林芳郁、陸委會主委賴幸媛、標檢局副局長王正輝等相關主管人員，並向衛生署及9縣市衛生局調閱資料後，發現衛生署有五大違失：
一、把關不周
未能適時對國內已輸入之大陸進口食品及原料進行全面檢驗、抽驗，亦未能將現有之實驗室統籌運用，故無法加速對市售食品原料來源或終端食品進行檢驗，影響確認食品安全衛生之時效性甚巨。
二、 政策反覆
對於下架市售食品之範圍、判讀三聚氰胺之標準及公布之檢驗結果，前後反覆，導致民眾及業者無所依循，難謂允當。
三、 應變紊亂
未能適時、周妥及正確說明食品是否安全、下架明細以及訂定2.5ppm之原因及必要性，使民眾對於食品之選擇或不選擇，無法做出最有利於己之決定，應變紊亂未善盡有效揭露重要資訊之責，顯有失當。
四、 機制未建
未能建立食品衛生源頭管理機制，國內除對進口食品進行查驗外，未設有任何機制可主動發現食品或食品添加物有害安全衛生之問題，既未對進口食品製造廠商要求認證，亦未落實要求國內廠商共同監控品質，故對於抽批未抽中或未被列入重點檢驗項目之食品，幾無把關機制可言，導致進口不安全食品之問題，層出不窮，容有偏失。
五、處理失當
衛生署平實未曾針對突發之重大食品安全衛生事件之人力調度、資源配置、情資掌握、資訊發布及政策決定進行狀況模擬及演練，故對於三聚氰胺事件之處理，應變措施之擬訂遲緩，未能有方法、有步驟進行危機處理，呈現鬆脫失序亂象，顯有疏失。
綜觀上述五大違失，因而認定衛生署對大陸毒奶粉事件之處理，呈現把關欠周全、措施急就章、機制未建立，同時政策反覆、應變紊亂，對於民眾食品安全保障不足，更造成民眾日常生活對食品問題的嚴重恐懼，違失至為灼然，爰予提案糾正。
監察委員程仁宏另指出，衛生署對於進口食品資料之掌控有欠周密，查證有所疏漏，事件之初未能掌握三鹿奶粉輸入國內之資訊，事後又未能協助國內民眾及業者取得或保全大陸廠商輸入源頭或終端食品含三聚氰胺之有利事證，即專家團前往大陸期間，並未取得都慶公司輸台之同批次原料樣本，對於後續之求償，保障實有不足，乃要求衛生署具體檢討改善，並將改善措施及結果函復監察院。