監察院司法及獄政委員會於本(98)年6月10日上午通過並公布錢林慧君、吳豐山所提糾正法務部暨調查局案。因檢察機關辦理相關案件，不論在分案流程、業務監督及指揮偵辦均有違失；另在偵查之作為有諸多違法之處，法務部調查局疏於查察防範，對失職人員考核失實，辦案督導考核顯有違失，監察院依監察法第24條之規定提案糾正。
糾正案文指出:法務部所屬台灣高等法院台南分院檢察署、台灣高雄地方法院檢察署檢察官及調查局調查員為貪圖查緝績效及破案獎金，涉嫌勾結槍械走私集團，以辦案需要為由，在未簽請最高法院檢察署檢察總長核發偵察指揮書情形下，即逕予發函關稅局對特定貨櫃查驗放行，嚴重侵害海關職權，不當干涉貨櫃之查驗機制，核有失當。
糾正案文表示：依法院組織法第63條、64條規定及法務部所頒布「檢察一體制度透明化實施方案」，檢察官實施偵查及行使職權，依法應受「檢察一體」指揮監督之限制，且檢察長得行使對檢察官事務之介入權及移轉權。惟查法務部所屬之檢察機關並未落實分案流程、業務監督機制，且部分檢察官執行職務之重要事項未層報檢察長或主任檢察官，檢察一體形同虛設，檢察長未依法行使指揮監督，核有違失，法務部允應檢討改進。
糾正案文指出：司法警察機關知有犯罪嫌疑者，應按刑事訴訟法之規定，依職權調查犯罪情形及蒐集證據並將結果向檢察官報告，法務部調查局偵辦走私槍械案件，在尚未搜獲相關事證前，即違反正常辦案程序，報請檢察官指揮，竟藉由檢察機關分案機制之缺失，私相收受，交由與該局所屬調查站配合關係良好之檢察官偵辦，互為謀取績效及獎勵，各取所需，致生重大弊案，核有違失。