國防部所屬總政治作戰局、海軍司令部及所屬有關單位於民國93年起辦理高雄市「自治新村」眷村改建，遲未依規定辦理違建戶拆遷補償款之提存及後續追蹤事宜；而國防部既未嚴予監督所屬確實依法行事，嗣又不實函復違建戶以該等補償款已辦理提存等，均有違失，由監察委員洪昭男、楊美鈴提案糾正國防部。
糾正案文指出：國防部、海軍司令部與所屬單位辦理本案高雄市「自治新村」改建，部分違建戶並未於公告搬遷期限內辦理拆遷補償款結報事宜，且經前海軍後勤司令部搬遷期限截止後多次通知，渠等亦未配合辦理，嗣經海軍司令部結算補償款後，於94年1月24日建請國防部辦理法院提存暨裁定強制執行，嗣經國防部於94年4月4日核撥本案拆遷補償款，並請該司令部依提存法規定辦理相關事宜。惟國防部所屬總政治作戰局、海軍司令部及所屬後令部、陸戰隊司令部等，嗣後既未繼續追蹤及完成提存程序，復又層報國防部，並經該部總政治作戰局於95年1月12日，同意將本案拆遷補償款繳回眷改基金，且相關人員於監察院約詢時，猶稱不知財政部台北市國稅局已對本案是否應繳所得稅疑義函復之事實，顯均有違失。
糾正案文復表示：前海軍後勤司令部於94年6月間原預備將本案違建戶拆遷補償辦理提存，嗣因涉應否扣繳所得稅疑義，經於同年6月9日層報國防部轉請財政部賦稅署釋覆，嗣後並未完成法院提存作業，惟國防部不察，竟於97年9月函復違建戶以：該部已於94年4月4日辦理法院提存，洵有疏失。另國防部所屬總政治作戰局、海軍司令部及其所屬前後勤司令部、陸戰隊司令部等，處理本案違失情節至臻明確，國防部身為上級機關，未嚴予監督所屬確實依法行事，實難辭指揮監督不力之咎。