監察院教育及文化委員會於審查審計部96年度中央政府總決算審核報告時初步發現，國科會負責開發之部分科學園區土地、廠房及宿舍閒置未能充分利用情形嚴重，案經教育及文化委員會於10月16日委員會議決議，推派4位委員組成專案小組進行深入調查。專案調查小組為求速效以不負社會期許，下週內即先就日前已爆發嚴重弊案之竹科龍潭基地與日前民眾來院陳情甚多之宜蘭科技園區城南基地開發問題先行赴實地履勘，聽取竹科管理局與國科會簡報說明後，將加速進行後續調查作為。日後並將就現行工業區開發機關多頭馬車現象，只重取得土地與工程建設忽略產業發展與廠商引進，財務查核不實與部分已開發工業區使用率偏低形成蚊子工業區，嚴重浪費國家土地資源等問題展開全面調查。
依據「中華民國96年度中央政府總決算審核報告」意見表顯示：已開發科學園區土地、廠房及宿舍仍有閒置未能充分利用情形包括：園區土地閒置率大於50％的有高雄園區；園區土地閒置率介於20％與50％間的有竹科龍潭基地、雲林虎尾園區與臺南園區；廠房閒置率大於50％的有臺中園區與高雄園區；廠房閒置率介於20％與50％間的有臺南園區；其中高雄園區宿舍閒置率更高達90％以上。至於竹科龍潭基地弊案，日前檢調方面已進行偵辦中，案情並有向上發展之可能。